mirror of
https://github.com/PhasicFlow/phasicFlow.git
synced 2025-06-22 16:28:30 +00:00
@ -19,7 +19,7 @@ export pFlow_SRC_DIR="$pFlow_PROJECT_DIR/src"
|
|||||||
|
|
||||||
export Kokkos_DIR="$kokkosDir"
|
export Kokkos_DIR="$kokkosDir"
|
||||||
|
|
||||||
export Zoltan_DIR="$projectDir/Zoltan"
|
#export Zoltan_DIR="$projectDir/Zoltan"
|
||||||
|
|
||||||
# Cleanup variables (done as final statement for a clean exit code)
|
# Cleanup variables (done as final statement for a clean exit code)
|
||||||
unset projectDir
|
unset projectDir
|
||||||
|
44
cmake/zoltanInstallCheck.cmake
Normal file
44
cmake/zoltanInstallCheck.cmake
Normal file
@ -0,0 +1,44 @@
|
|||||||
|
# Macro to check for Zoltan installation and build it if needed
|
||||||
|
# Usage: zoltan_find_or_build(ZOLTAN_DIR)
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|
# Returns: ZOLTAN_INCLUDE_DIR, ZOLTAN_LIBRARY
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|
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|
macro(zoltan_find_or_build ZOLTAN_DIR)
|
||||||
|
# Set the Zoltan directory
|
||||||
|
set(ZOLTAN_PREFIX "${ZOLTAN_DIR}" CACHE STRING "Zoltan install directory")
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||||||
|
message(STATUS "Zoltan install directory is ${ZOLTAN_PREFIX}")
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if the Zoltan library is already built
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||||||
|
find_path(ZOLTAN_INCLUDE_DIR zoltan.h PATHS "${ZOLTAN_PREFIX}/include")
|
||||||
|
message(STATUS "Zoltan include path: ${ZOLTAN_INCLUDE_DIR}")
|
||||||
|
|
||||||
|
find_library(ZOLTAN_LIBRARY zoltan PATHS "${ZOLTAN_PREFIX}/lib")
|
||||||
|
message(STATUS "Zoltan lib path: ${ZOLTAN_LIBRARY}")
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if Zoltan library exists, if not compile it using buildlib script
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||||||
|
if(NOT ZOLTAN_LIBRARY)
|
||||||
|
message(STATUS "Zoltan library not found. Compiling from source using buildlib script...")
|
||||||
|
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||||||
|
# Execute the buildlib bash script
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||||||
|
execute_process(
|
||||||
|
COMMAND bash ${ZOLTAN_PREFIX}/buildlib
|
||||||
|
WORKING_DIRECTORY ${ZOLTAN_PREFIX}
|
||||||
|
RESULT_VARIABLE ZOLTAN_BUILD_RESULT
|
||||||
|
OUTPUT_VARIABLE ZOLTAN_BUILD_OUTPUT
|
||||||
|
ERROR_VARIABLE ZOLTAN_BUILD_ERROR
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
if(NOT ZOLTAN_BUILD_RESULT EQUAL 0)
|
||||||
|
message(FATAL_ERROR "Failed to build Zoltan library using buildlib script. Error: ${ZOLTAN_BUILD_ERROR}")
|
||||||
|
endif()
|
||||||
|
|
||||||
|
# Try to find the library again after building
|
||||||
|
find_library(ZOLTAN_LIBRARY zoltan PATHS "${ZOLTAN_PREFIX}/lib" NO_DEFAULT_PATH)
|
||||||
|
find_path(ZOLTAN_INCLUDE_DIR zoltan.h PATHS "${ZOLTAN_PREFIX}/include" NO_DEFAULT_PATH)
|
||||||
|
|
||||||
|
if(NOT ZOLTAN_LIBRARY)
|
||||||
|
message(FATAL_ERROR "Failed to locate Zoltan library after building")
|
||||||
|
endif()
|
||||||
|
|
||||||
|
message(STATUS "Successfully built Zoltan library at ${ZOLTAN_LIBRARY}")
|
||||||
|
endif()
|
||||||
|
endmacro()
|
@ -0,0 +1,71 @@
|
|||||||
|
#include "processorAB2BoundaryIntegration.hpp"
|
||||||
|
#include "AdamsBashforth2.hpp"
|
||||||
|
#include "AB2Kernels.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryConfigs.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::processorAB2BoundaryIntegration::processorAB2BoundaryIntegration(
|
||||||
|
const boundaryBase &boundary,
|
||||||
|
const pointStructure &pStruct,
|
||||||
|
const word &method,
|
||||||
|
integration& intgrtn
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
boundaryIntegration(boundary, pStruct, method, intgrtn)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::processorAB2BoundaryIntegration::correct(
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
const realx3PointField_D& y,
|
||||||
|
const realx3PointField_D& dy
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef BoundaryModel1
|
||||||
|
if(this->isBoundaryMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const uint32 thisIndex = thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
const auto& AB2 = static_cast<const AdamsBashforth2&>(Integration());
|
||||||
|
const auto& dy1View = AB2.BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
const auto& dyView = dy.BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
const auto& yView = y.BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
const rangeU32 aRange(0u, dy1View.size());
|
||||||
|
return AB2Kernels::intAllActive(
|
||||||
|
"AB2Integration::correct."+this->boundaryName(),
|
||||||
|
dt,
|
||||||
|
aRange,
|
||||||
|
yView,
|
||||||
|
dyView,
|
||||||
|
dy1View
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#endif //BoundaryModel1
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::processorAB2BoundaryIntegration::correctPStruct(real dt, const realx3PointField_D &vel)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef BoundaryModel1
|
||||||
|
if(this->isBoundaryMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const uint32 thisIndex = thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
const auto& AB2 = static_cast<const AdamsBashforth2&>(Integration());
|
||||||
|
const auto& dy1View = AB2.BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
const auto& velView = vel.BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
const auto& xposView = boundary().neighborProcPoints().deviceView();
|
||||||
|
const rangeU32 aRange(0u, dy1View.size());
|
||||||
|
return AB2Kernels::intAllActive(
|
||||||
|
"AB2Integration::correctPStruct."+this->boundaryName(),
|
||||||
|
dt,
|
||||||
|
aRange,
|
||||||
|
xposView,
|
||||||
|
velView,
|
||||||
|
dy1View
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#endif //BoundaryModel1
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,51 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __processorAB2BoundaryIntegration_hpp__
|
||||||
|
#define __processorAB2BoundaryIntegration_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundaryIntegration.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class processorAB2BoundaryIntegration
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public boundaryIntegration
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
TypeInfo("boundaryIntegration<processor,AdamsBashforth2>");
|
||||||
|
|
||||||
|
processorAB2BoundaryIntegration(
|
||||||
|
const boundaryBase& boundary,
|
||||||
|
const pointStructure& pStruct,
|
||||||
|
const word& method,
|
||||||
|
integration& intgrtn
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
~processorAB2BoundaryIntegration()override=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool correct(
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
const realx3PointField_D& y,
|
||||||
|
const realx3PointField_D& dy)override;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool correctPStruct(real dt, const realx3PointField_D& vel)override;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor(
|
||||||
|
boundaryIntegration,
|
||||||
|
processorAB2BoundaryIntegration,
|
||||||
|
boundaryBase
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
@ -0,0 +1,111 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
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------------------------------------------------------------------------------
|
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|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "processorBoundaryContactSearch.hpp"
|
||||||
|
#include "contactSearch.hpp"
|
||||||
|
#include "particles.hpp"
|
||||||
|
//#include "pointStructure.hpp"
|
||||||
|
//#include "geometry.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::processorBoundaryContactSearch::setSearchBox()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto l = boundary().neighborLength();
|
||||||
|
auto n = boundary().boundaryPlane().normal();
|
||||||
|
auto pp1 = boundary().boundaryPlane().parallelPlane(l);
|
||||||
|
auto pp2 = boundary().boundaryPlane().parallelPlane(-l);
|
||||||
|
|
||||||
|
realx3 minP1 = min(min(min(pp1.p1(), pp1.p2()), pp1.p3()), pp1.p4());
|
||||||
|
realx3 maxP1 = max(max(max(pp1.p1(), pp1.p2()), pp1.p3()), pp1.p4());
|
||||||
|
|
||||||
|
realx3 minP2 = min(min(min(pp2.p1(), pp2.p2()), pp2.p3()), pp2.p4());
|
||||||
|
realx3 maxP2 = max(max(max(pp2.p1(), pp2.p2()), pp2.p3()), pp2.p4());
|
||||||
|
|
||||||
|
auto minP = min(minP1, minP2) - l*(realx3(1.0)-abs(n));
|
||||||
|
auto maxP = max(maxP1, maxP2) + l*(realx3(1.0)-abs(n));
|
||||||
|
|
||||||
|
searchBox_={minP, maxP};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::processorBoundaryContactSearch::processorBoundaryContactSearch(
|
||||||
|
const dictionary &dict,
|
||||||
|
const boundaryBase &boundary,
|
||||||
|
const contactSearch &cSearch)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
boundaryContactSearch(dict, boundary, cSearch),
|
||||||
|
diameter_(cSearch.Particles().boundingSphere()),
|
||||||
|
masterSearch_(this->isBoundaryMaster()),
|
||||||
|
sizeRatio_(dict.getVal<real>("sizeRatio"))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(masterSearch_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
setSearchBox();
|
||||||
|
|
||||||
|
real minD;
|
||||||
|
real maxD;
|
||||||
|
cSearch.Particles().boundingSphereMinMax(minD, maxD);
|
||||||
|
|
||||||
|
ppContactSearch_ = makeUnique<twoPartContactSearch>(
|
||||||
|
searchBox_,
|
||||||
|
maxD,
|
||||||
|
sizeRatio_);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
searchBox_={{0,0,0},{0,0,0}};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::processorBoundaryContactSearch::broadSearch
|
||||||
|
(
|
||||||
|
uint32 iter,
|
||||||
|
real t,
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
csPairContainerType &ppPairs,
|
||||||
|
csPairContainerType &pwPairs,
|
||||||
|
bool force
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(masterSearch_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto thisPoints = boundary().thisPoints();
|
||||||
|
const auto& neighborProcPoints = boundary().neighborProcPoints();
|
||||||
|
const auto& bDiams = diameter_.BoundaryField(thisBoundaryIndex());
|
||||||
|
const auto thisDiams = bDiams.thisField();
|
||||||
|
const auto& neighborProcDiams = bDiams.neighborProcField();
|
||||||
|
|
||||||
|
ppContactSearch_().broadSearchPP(
|
||||||
|
ppPairs,
|
||||||
|
thisPoints,
|
||||||
|
thisDiams,
|
||||||
|
neighborProcPoints,
|
||||||
|
neighborProcDiams,
|
||||||
|
boundaryName()
|
||||||
|
);
|
||||||
|
//pOutput<<"ppSize "<< ppPairs.size()<<endl;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
|
||||||
|
}else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,76 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
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O O M ultiscale modeling of
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||||||
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OOOOOOO F luid flow
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------------------------------------------------------------------------------
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Copyright (C): www.cemf.ir
|
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|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
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------------------------------------------------------------------------------
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|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
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||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
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-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __processorBoundaryContactSearch_hpp__
|
||||||
|
#define __processorBoundaryContactSearch_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundaryContactSearch.hpp"
|
||||||
|
#include "pointFields.hpp"
|
||||||
|
#include "twoPartContactSearch.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class processorBoundaryContactSearch : public boundaryContactSearch
|
||||||
|
{
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
box searchBox_;
|
||||||
|
|
||||||
|
uniquePtr<twoPartContactSearch> ppContactSearch_ = nullptr;
|
||||||
|
|
||||||
|
const realPointField_D& diameter_;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool masterSearch_;
|
||||||
|
|
||||||
|
real sizeRatio_;
|
||||||
|
|
||||||
|
void setSearchBox();
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
TypeInfo("boundaryContactSearch<MPI,processor>")
|
||||||
|
|
||||||
|
processorBoundaryContactSearch(
|
||||||
|
const dictionary& dict,
|
||||||
|
const boundaryBase& boundary,
|
||||||
|
const contactSearch& cSearch
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
~processorBoundaryContactSearch() override = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor(
|
||||||
|
boundaryContactSearch,
|
||||||
|
processorBoundaryContactSearch,
|
||||||
|
boundaryBase
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool broadSearch(
|
||||||
|
uint32 iter,
|
||||||
|
real t,
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
csPairContainerType& ppPairs,
|
||||||
|
csPairContainerType& pwPairs,
|
||||||
|
bool force = false
|
||||||
|
) override;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__processorBoundaryContactSearch_hpp__
|
@ -0,0 +1,163 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
#include "twoPartContactSearch.hpp"
|
||||||
|
#include "twoPartContactSearchKernels.hpp"
|
||||||
|
#include "phasicFlowKokkos.hpp"
|
||||||
|
#include "streams.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::twoPartContactSearch::checkAllocateNext(uint32 n)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( nextCapacity_ < n)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
nextCapacity_ = n;
|
||||||
|
reallocNoInit(next_, n);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::twoPartContactSearch::nullifyHead()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fill(head_, static_cast<uint32>(-1));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::twoPartContactSearch::nullifyNext(uint32 n)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fill(next_, 0u, n, static_cast<uint32>(-1));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::twoPartContactSearch::buildList(
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(points.empty())return;
|
||||||
|
uint32 n = points.size();
|
||||||
|
checkAllocateNext(n);
|
||||||
|
nullifyNext(n);
|
||||||
|
nullifyHead();
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::twoPartContactSearchKernels::buildNextHead(
|
||||||
|
points,
|
||||||
|
searchCells_,
|
||||||
|
head_,
|
||||||
|
next_
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::twoPartContactSearch::twoPartContactSearch
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const box &domain,
|
||||||
|
real cellSize,
|
||||||
|
real sizeRatio
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
searchCells_(domain, cellSize),
|
||||||
|
head_("periodic:head",searchCells_.nx(), searchCells_.ny(), searchCells_.nz()),
|
||||||
|
sizeRatio_(sizeRatio)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::twoPartContactSearch::broadSearchPP
|
||||||
|
(
|
||||||
|
csPairContainerType &ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real>& diams1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points2,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real>& diams2,
|
||||||
|
const realx3& transferVec
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(points1.empty())return true;
|
||||||
|
if(points2.empty()) return true;
|
||||||
|
|
||||||
|
buildList(points1);
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 nNotInserted = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// loop until the container size fits the numebr of contact pairs
|
||||||
|
while (nNotInserted > 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
nNotInserted = pFlow::twoPartContactSearchKernels::broadSearchPP
|
||||||
|
(
|
||||||
|
ppPairs,
|
||||||
|
points1,
|
||||||
|
diams1,
|
||||||
|
points2,
|
||||||
|
diams2,
|
||||||
|
transferVec,
|
||||||
|
head_,
|
||||||
|
next_,
|
||||||
|
searchCells_,
|
||||||
|
sizeRatio_
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if(nNotInserted)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// - resize the container
|
||||||
|
// note that getFull now shows the number of failed insertions.
|
||||||
|
uint32 len = max(nNotInserted,100u) ;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto oldCap = ppPairs.capacity();
|
||||||
|
|
||||||
|
ppPairs.increaseCapacityBy(len);
|
||||||
|
|
||||||
|
INFORMATION<< "Particle-particle contact pair container capacity increased from "<<
|
||||||
|
oldCap << " to "<<ppPairs.capacity()<<" in contact search in boundary region."<<END_INFO;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::twoPartContactSearch::broadSearchPP
|
||||||
|
(
|
||||||
|
csPairContainerType &ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real> &diams1,
|
||||||
|
const realx3Vector_D& points2,
|
||||||
|
const realVector_D& diams2,
|
||||||
|
const word& name
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
buildList(points1);
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 nNotInserted = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// loop until the container size fits the numebr of contact pairs
|
||||||
|
while (nNotInserted > 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
nNotInserted = pFlow::twoPartContactSearchKernels::broadSearchPP
|
||||||
|
(
|
||||||
|
ppPairs,
|
||||||
|
points1,
|
||||||
|
diams1,
|
||||||
|
points2,
|
||||||
|
diams2,
|
||||||
|
head_,
|
||||||
|
next_,
|
||||||
|
searchCells_,
|
||||||
|
sizeRatio_
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if(nNotInserted)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// - resize the container
|
||||||
|
// note that getFull now shows the number of failed insertions.
|
||||||
|
uint32 len = max(nNotInserted,100u) ;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto oldCap = ppPairs.capacity();
|
||||||
|
|
||||||
|
ppPairs.increaseCapacityBy(len);
|
||||||
|
|
||||||
|
INFORMATION<< "Particle-particle contact pair container capacity increased from "<<
|
||||||
|
oldCap << " to "<<ppPairs.capacity()<<" in boundary contact search in "<< name <<END_INFO;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,104 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __twoPartContactSearch_hpp__
|
||||||
|
#define __twoPartContactSearch_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "contactSearchGlobals.hpp"
|
||||||
|
#include "scatteredFieldAccess.hpp"
|
||||||
|
#include "cells.hpp"
|
||||||
|
#include "VectorSingles.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class twoPartContactSearch
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
using HeadType = deviceViewType3D<uint32>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using NextType = deviceViewType1D<uint32>;
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
cells searchCells_;
|
||||||
|
|
||||||
|
HeadType head_{ "periodic::head", 1, 1, 1 };
|
||||||
|
|
||||||
|
NextType next_{ "periodic::next", 1 };
|
||||||
|
|
||||||
|
real sizeRatio_ = 1.0;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 nextCapacity_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
void checkAllocateNext(uint32 n);
|
||||||
|
|
||||||
|
void nullifyHead();
|
||||||
|
|
||||||
|
void nullifyNext(uint32 n);
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildList(
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points);
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
twoPartContactSearch(
|
||||||
|
const box &domain,
|
||||||
|
real cellSize,
|
||||||
|
real sizeRatio = 1.0);
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Perform a broad-search for spheres in two adjacent regions.
|
||||||
|
/// Region 1 is considered as the master (primary) region and region 2 as slave
|
||||||
|
/// @param ppPairs pairs container which holds i and j
|
||||||
|
/// @param points1 point positions in region 1
|
||||||
|
/// @param diams1 diameter of spheres in region 1
|
||||||
|
/// @param points2 point positions in region 2
|
||||||
|
/// @param diams2 diameter of spheres in region 2
|
||||||
|
/// @param transferVec a vector to transfer points from region 2 to region 1
|
||||||
|
/// @return true if it is successful
|
||||||
|
bool broadSearchPP(
|
||||||
|
csPairContainerType &ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real> &diams1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points2,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real> &diams2,
|
||||||
|
const realx3 &transferVec);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool broadSearchPP(
|
||||||
|
csPairContainerType &ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real> &diams1,
|
||||||
|
const realx3Vector_D& points2,
|
||||||
|
const realVector_D& diams2,
|
||||||
|
const word& name);
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& searchCells()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return searchCells_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
real sizeRatio()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return sizeRatio_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__twoPartContactSearch_hpp__
|
@ -0,0 +1,186 @@
|
|||||||
|
#include "twoPartContactSearchKernels.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
INLINE_FUNCTION_HD
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
sphereSphereCheckB(
|
||||||
|
const pFlow::realx3& p1,
|
||||||
|
const pFlow::realx3 p2,
|
||||||
|
pFlow::real d1,
|
||||||
|
pFlow::real d2
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return pFlow::length(p2 - p1) < 0.5 * (d2 + d1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void
|
||||||
|
pFlow::twoPartContactSearchKernels::buildNextHead(
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& points,
|
||||||
|
const cells& searchCells,
|
||||||
|
deviceViewType3D<uint32>& head,
|
||||||
|
deviceViewType1D<uint32>& next
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 n = points.size();
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(
|
||||||
|
"pFlow::ppwBndryContactSearch::buildList",
|
||||||
|
deviceRPolicyStatic(0, n),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 i) {
|
||||||
|
int32x3 ind;
|
||||||
|
if (searchCells.pointIndexInDomain(points[i], ind))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// discards points out of searchCell
|
||||||
|
uint32 old =
|
||||||
|
Kokkos::atomic_exchange(&head(ind.x(), ind.y(), ind.z()), i);
|
||||||
|
next[i] = old;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
);
|
||||||
|
Kokkos::fence();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::uint32
|
||||||
|
pFlow::twoPartContactSearchKernels::broadSearchPP(
|
||||||
|
csPairContainerType& ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& points,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real>& diams,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& mirrorPoints,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real>& mirrorDiams,
|
||||||
|
const realx3& transferVec,
|
||||||
|
const deviceViewType3D<uint32>& head,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32>& next,
|
||||||
|
const cells& searchCells,
|
||||||
|
const real sizeRatio
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (points.empty())
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
if (mirrorPoints.empty())
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto nMirror = mirrorPoints.size();
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 getFull = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_reduce(
|
||||||
|
"pFlow::twoPartContactSearchKernels::broadSearchPP",
|
||||||
|
deviceRPolicyStatic(0, nMirror),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(const uint32 mrrI, uint32& getFullUpdate) {
|
||||||
|
realx3 p_m = mirrorPoints(mrrI) + transferVec;
|
||||||
|
|
||||||
|
int32x3 ind_m;
|
||||||
|
if (!searchCells.pointIndexInDomain(p_m, ind_m))
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
|
||||||
|
real d_m = sizeRatio * mirrorDiams[mrrI];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int ii = -1; ii < 2; ii++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int jj = -1; jj < 2; jj++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int kk = -1; kk < 2; kk++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto ind = ind_m + int32x3{ ii, jj, kk };
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!searchCells.inCellRange(ind))
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 thisI = head(ind.x(), ind.y(), ind.z());
|
||||||
|
while (thisI != static_cast<uint32>(-1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto d_n = sizeRatio * diams[thisI];
|
||||||
|
|
||||||
|
// first item is for this boundary and second itme,
|
||||||
|
// for mirror
|
||||||
|
if(sphereSphereCheckB(p_m, points[thisI], d_m, d_n)&&
|
||||||
|
ppPairs.insert(thisI,mrrI) == static_cast<uint32>(-1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
getFullUpdate++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
thisI = next(thisI);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
getFull
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
return getFull;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::uint32
|
||||||
|
pFlow::twoPartContactSearchKernels::broadSearchPP(
|
||||||
|
csPairContainerType& ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& points1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real>& diams1,
|
||||||
|
const realx3Vector_D& points2,
|
||||||
|
const realVector_D& diams2,
|
||||||
|
const deviceViewType3D<uint32>& head,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32>& next,
|
||||||
|
const cells& searchCells,
|
||||||
|
real sizeRatio
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (points1.empty())
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
if (points2.empty())
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto nP2 = points2.size();
|
||||||
|
auto points2View = points2.deviceView();
|
||||||
|
auto diams2View = diams2.deviceView();
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 getFull = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_reduce(
|
||||||
|
"pFlow::twoPartContactSearchKernels::broadSearchPP",
|
||||||
|
deviceRPolicyStatic(0, nP2),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(const uint32 i2, uint32& getFullUpdate) {
|
||||||
|
realx3 p_m = points2View(i2);
|
||||||
|
|
||||||
|
int32x3 ind_m;
|
||||||
|
if (!searchCells.pointIndexInDomain(p_m, ind_m))
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
|
||||||
|
real d_m = sizeRatio * diams2View[i2];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int ii = -1; ii < 2; ii++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int jj = -1; jj < 2; jj++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int kk = -1; kk < 2; kk++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto ind = ind_m + int32x3{ ii, jj, kk };
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!searchCells.inCellRange(ind))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
continue;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 i1 = head(ind.x(), ind.y(), ind.z());
|
||||||
|
while (i1 != static_cast<uint32>(-1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto d_n = sizeRatio * diams1[i1];
|
||||||
|
|
||||||
|
// first item is for this boundary and second itme,
|
||||||
|
// for mirror
|
||||||
|
if(sphereSphereCheckB(p_m, points1[i1], d_m, d_n)&&
|
||||||
|
ppPairs.insert(i1,i2) == static_cast<uint32>(-1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
getFullUpdate++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
i1 = next(i1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
getFull
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
return getFull;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,49 @@
|
|||||||
|
#ifndef __twoPartContactSearchKernels_hpp__
|
||||||
|
#define __twoPartContactSearchKernels_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "contactSearchGlobals.hpp"
|
||||||
|
#include "cells.hpp"
|
||||||
|
#include "contactSearchFunctions.hpp"
|
||||||
|
#include "scatteredFieldAccess.hpp"
|
||||||
|
#include "VectorSingles.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::twoPartContactSearchKernels
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
void buildNextHead(
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points,
|
||||||
|
const cells &searchCells,
|
||||||
|
deviceViewType3D<uint32> &head,
|
||||||
|
deviceViewType1D<uint32> &next );
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 broadSearchPP
|
||||||
|
(
|
||||||
|
csPairContainerType &ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &points,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real> &diams,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3> &mirrorPoints,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real> &mirrorDiams,
|
||||||
|
const realx3 &transferVec,
|
||||||
|
const deviceViewType3D<uint32> &head,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32> &next,
|
||||||
|
const cells &searchCells,
|
||||||
|
real sizeRatio
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32
|
||||||
|
broadSearchPP(
|
||||||
|
csPairContainerType& ppPairs,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& points1,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<real>& diams1,
|
||||||
|
const realx3Vector_D& points2,
|
||||||
|
const realVector_D& diams2,
|
||||||
|
const deviceViewType3D<uint32>& head,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32>& next,
|
||||||
|
const cells& searchCells,
|
||||||
|
real sizeRatio
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__twoPartContactSearchKernels_hpp__
|
@ -0,0 +1,132 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __processorBoundarySIKernels_hpp__
|
||||||
|
#define __processorBoundarySIKernels_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI::processorBoundarySIKernels
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename ContactListType, typename ContactForceModel>
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
void sphereSphereInteraction
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const word& kernalName,
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
const ContactListType& cntctList,
|
||||||
|
const ContactForceModel& forceModel,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& thisPoints,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<real>& thisDiam,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32>& thisPropId,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& thisVel,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& thisRVel,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& thisCForce,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& thisCTorque,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& neighborPoints,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<real>& neighborDiam,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32>& neighborPropId,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& neighborVel,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& neighborRVel,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& neighborCForce,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<realx3>& neighborCTorque
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
using ValueType = typename ContactListType::ValueType;
|
||||||
|
uint32 ss = cntctList.size();
|
||||||
|
if(ss == 0u)return;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 lastItem = cntctList.loopCount();
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(
|
||||||
|
kernalName,
|
||||||
|
deviceRPolicyDynamic(0,lastItem),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 n)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!cntctList.isValid(n))return;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto [i,j] = cntctList.getPair(n);
|
||||||
|
uint32 ind_i = thisPoints.index(i);
|
||||||
|
uint32 ind_j = j;
|
||||||
|
|
||||||
|
real Ri = 0.5*thisDiam[ind_i];
|
||||||
|
real Rj = 0.5*neighborDiam[ind_j];
|
||||||
|
realx3 xi = thisPoints.field()[ind_i];
|
||||||
|
realx3 xj = neighborPoints[ind_j];
|
||||||
|
|
||||||
|
real dist = length(xj-xi);
|
||||||
|
real ovrlp = (Ri+Rj) - dist;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( ovrlp >0.0 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto Nij = (xj-xi)/max(dist,smallValue);
|
||||||
|
auto wi = thisRVel[ind_i];
|
||||||
|
auto wj = neighborRVel[ind_j];
|
||||||
|
auto Vr = thisVel[ind_i] - neighborVel[ind_j] + cross((Ri*wi+Rj*wj), Nij);
|
||||||
|
|
||||||
|
auto history = cntctList.getValue(n);
|
||||||
|
|
||||||
|
int32 propId_i = thisPropId[ind_i];
|
||||||
|
int32 propId_j = neighborPropId[ind_j];
|
||||||
|
|
||||||
|
realx3 FCn, FCt, Mri, Mrj, Mij, Mji;
|
||||||
|
|
||||||
|
// calculates contact force
|
||||||
|
forceModel.contactForce(
|
||||||
|
dt, i, j,
|
||||||
|
propId_i, propId_j,
|
||||||
|
Ri, Rj,
|
||||||
|
ovrlp,
|
||||||
|
Vr, Nij,
|
||||||
|
history,
|
||||||
|
FCn, FCt);
|
||||||
|
|
||||||
|
forceModel.rollingFriction(
|
||||||
|
dt, i, j,
|
||||||
|
propId_i, propId_j,
|
||||||
|
Ri, Rj,
|
||||||
|
wi, wj,
|
||||||
|
Nij,
|
||||||
|
FCn,
|
||||||
|
Mri, Mrj);
|
||||||
|
|
||||||
|
auto M = cross(Nij,FCt);
|
||||||
|
Mij = Ri*M+Mri;
|
||||||
|
Mji = Rj*M+Mrj;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto FC = FCn + FCt;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&thisCForce[ind_i].x_,FC.x_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&thisCForce[ind_i].y_,FC.y_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&thisCForce[ind_i].z_,FC.z_);
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&neighborCForce[ind_j].x_,-FC.x_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&neighborCForce[ind_j].y_,-FC.y_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&neighborCForce[ind_j].z_,-FC.z_);
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&thisCTorque[ind_i].x_, Mij.x_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&thisCTorque[ind_i].y_, Mij.y_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&thisCTorque[ind_i].z_, Mij.z_);
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&neighborCTorque[ind_j].x_, Mji.x_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&neighborCTorque[ind_j].y_, Mji.y_);
|
||||||
|
Kokkos::atomic_add(&neighborCTorque[ind_j].z_, Mji.z_);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
cntctList.setValue(n,history);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cntctList.setValue(n, ValueType());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
});
|
||||||
|
Kokkos::fence();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
} //pFlow::MPI::processorBoundarySIKernels
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__processorBoundarySIKernels_hpp__
|
@ -0,0 +1,256 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
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|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "processorBoundarySIKernels.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
template <typename cFM, typename gMM>
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundarySphereInteraction<cFM, gMM>::processorBoundarySphereInteraction(
|
||||||
|
const boundaryBase &boundary,
|
||||||
|
const sphereParticles &sphPrtcls,
|
||||||
|
const GeometryMotionModel &geomMotion)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
boundarySphereInteraction<cFM,gMM>(
|
||||||
|
boundary,
|
||||||
|
sphPrtcls,
|
||||||
|
geomMotion
|
||||||
|
),
|
||||||
|
masterInteraction_(boundary.isBoundaryMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(masterInteraction_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->allocatePPPairs();
|
||||||
|
this->allocatePWPairs();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef BoundaryModel1
|
||||||
|
|
||||||
|
template <typename cFM, typename gMM>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::processorBoundarySphereInteraction<cFM, gMM>::sphereSphereInteraction
|
||||||
|
(
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
const ContactForceModel &cfModel,
|
||||||
|
uint32 step
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
// master processor calculates the contact force/torque and sends data back to the
|
||||||
|
// neighbor processor (slave processor).
|
||||||
|
// slave processor recieves the data and adds the data to the internalField
|
||||||
|
if(masterInteraction_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(step==1)return true;
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto & sphPar = this->sphParticles();
|
||||||
|
uint32 thisIndex = this->boundary().thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& cfBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactForce().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& ctBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
if(step == 2 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
iter++;
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundarySIKernels::sphereSphereInteraction(
|
||||||
|
"ppBoundaryInteraction."+this->boundaryName(),
|
||||||
|
dt,
|
||||||
|
this->ppPairs(),
|
||||||
|
cfModel,
|
||||||
|
this->boundary().thisPoints(),
|
||||||
|
sphPar.diameter().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.propertyId().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.velocity().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.rVelocity().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.contactForce().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().deviceViewAll(),
|
||||||
|
this->boundary().neighborProcPoints().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.diameter().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.propertyId().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.velocity().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.rVelocity().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
cfBndry.neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
ctBndry.neighborProcField().deviceViewAll()
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 3 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cfBndry.sendBackData();
|
||||||
|
ctBndry.sendBackData();
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(step == 1 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto & sphPar = this->sphParticles();
|
||||||
|
uint32 thisIndex = this->boundary().thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
const auto& cfBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&>(
|
||||||
|
sphPar.contactForce().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
const auto& ctBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
cfBndry.recieveBackData();
|
||||||
|
ctBndry.recieveBackData();
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 11)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto & sphPar = this->sphParticles();
|
||||||
|
uint32 thisIndex = this->boundary().thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
const auto& cfBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&>(
|
||||||
|
sphPar.contactForce().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
const auto& ctBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
cfBndry.addBufferToInternalField();
|
||||||
|
ctBndry.addBufferToInternalField();
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
|
||||||
|
template <typename cFM, typename gMM>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::processorBoundarySphereInteraction<cFM, gMM>::sphereSphereInteraction
|
||||||
|
(
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
const ContactForceModel &cfModel,
|
||||||
|
uint32 step
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
// master processor calculates the contact force/torque and sends data back to the
|
||||||
|
// neighbor processor (slave processor).
|
||||||
|
// slave processor recieves the data and adds the data to the internalField
|
||||||
|
if(masterInteraction_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(step==1)return true;
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto & sphPar = this->sphParticles();
|
||||||
|
uint32 thisIndex = this->boundary().thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& cfBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactForce().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& ctBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
if(step == 2 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundarySIKernels::sphereSphereInteraction(
|
||||||
|
"ppBoundaryInteraction."+this->boundaryName(),
|
||||||
|
dt,
|
||||||
|
this->ppPairs(),
|
||||||
|
cfModel,
|
||||||
|
this->boundary().thisPoints(),
|
||||||
|
sphPar.diameter().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.propertyId().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.velocity().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.rVelocity().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.contactForce().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().deviceViewAll(),
|
||||||
|
this->boundary().neighborProcPoints().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.diameter().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.propertyId().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.velocity().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
sphPar.rVelocity().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
cfBndry.neighborProcField().deviceViewAll(),
|
||||||
|
ctBndry.neighborProcField().deviceViewAll()
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 3 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cfBndry.sendBackData();
|
||||||
|
ctBndry.sendBackData();
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 11 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cfBndry.updateBoundaryFromSlave();
|
||||||
|
ctBndry.updateBoundaryFromSlave();
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(step == 1 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto & sphPar = this->sphParticles();
|
||||||
|
uint32 thisIndex = this->boundary().thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
const auto& cfBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&>(
|
||||||
|
sphPar.contactForce().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
const auto& ctBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
cfBndry.recieveBackData();
|
||||||
|
ctBndry.recieveBackData();
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 11)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto & sphPar = this->sphParticles();
|
||||||
|
uint32 thisIndex = this->boundary().thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
const auto& cfBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&>(
|
||||||
|
sphPar.contactForce().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
const auto& ctBndry = static_cast<const processorBoundaryField<realx3>&> (
|
||||||
|
sphPar.contactTorque().BoundaryField(thisIndex));
|
||||||
|
|
||||||
|
cfBndry.addBufferToInternalField();
|
||||||
|
cfBndry.updateBoundaryToMaster();
|
||||||
|
|
||||||
|
ctBndry.addBufferToInternalField();
|
||||||
|
ctBndry.updateBoundaryToMaster();
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
@ -0,0 +1,93 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
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------------------------------------------------------------------------------
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||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __processorBoundarySphereInteraction_hpp__
|
||||||
|
#define __processorBoundarySphereInteraction_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundarySphereInteraction.hpp"
|
||||||
|
#include "processorBoundaryField.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryProcessor.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename contactForceModel,typename geometryMotionModel>
|
||||||
|
class processorBoundarySphereInteraction
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public boundarySphereInteraction<contactForceModel, geometryMotionModel>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using PBSInteractionType =
|
||||||
|
processorBoundarySphereInteraction<contactForceModel,geometryMotionModel>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using BSInteractionType =
|
||||||
|
boundarySphereInteraction<contactForceModel, geometryMotionModel>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using GeometryMotionModel = typename BSInteractionType::GeometryMotionModel;
|
||||||
|
|
||||||
|
using ContactForceModel = typename BSInteractionType::ContactForceModel;
|
||||||
|
|
||||||
|
using MotionModel = typename geometryMotionModel::MotionModel;
|
||||||
|
|
||||||
|
using ModelStorage = typename ContactForceModel::contactForceStorage;
|
||||||
|
|
||||||
|
using IdType = typename BSInteractionType::IdType;
|
||||||
|
|
||||||
|
using IndexType = typename BSInteractionType::IndexType;
|
||||||
|
|
||||||
|
using ContactListType = typename BSInteractionType::ContactListType;
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
bool masterInteraction_;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
TypeInfoTemplate22("boundarySphereInteraction", "processor",ContactForceModel, MotionModel);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
processorBoundarySphereInteraction(
|
||||||
|
const boundaryBase& boundary,
|
||||||
|
const sphereParticles& sphPrtcls,
|
||||||
|
const GeometryMotionModel& geomMotion
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor
|
||||||
|
(
|
||||||
|
BSInteractionType,
|
||||||
|
PBSInteractionType,
|
||||||
|
boundaryBase
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
~processorBoundarySphereInteraction()override = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool sphereSphereInteraction(
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
const ContactForceModel& cfModel,
|
||||||
|
uint32 step)override;
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "processorBoundarySphereInteraction.cpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__processorBoundarySphereInteraction_hpp__
|
@ -0,0 +1,17 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
#include "processorBoundarySphereInteraction.hpp"
|
||||||
|
#include "geometryMotions.hpp"
|
||||||
|
#include "contactForceModels.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundarySphereInteraction
|
||||||
|
<
|
||||||
|
pFlow::cfModels::limitedNonLinearNormalRolling,
|
||||||
|
pFlow::rotationAxisMotionGeometry
|
||||||
|
>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundarySphereInteraction
|
||||||
|
<
|
||||||
|
pFlow::cfModels::nonLimitedNonLinearNormalRolling,
|
||||||
|
pFlow::rotationAxisMotionGeometry
|
||||||
|
>;
|
@ -0,0 +1,46 @@
|
|||||||
|
#include "processorBoundarySphereParticles.hpp"
|
||||||
|
#include "sphereParticles.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryProcessor.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::processorBoundarySphereParticles::processorBoundarySphereParticles(
|
||||||
|
const boundaryBase &boundary,
|
||||||
|
sphereParticles &prtcls
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
boundarySphereParticles(boundary, prtcls)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::processorBoundarySphereParticles::acceleration(const timeInfo &ti, const realx3& g)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef BoundaryModel1
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if(isBoundaryMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto thisIndex = thisBoundaryIndex();
|
||||||
|
auto mass = Particles().mass().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
auto I = Particles().I().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
auto cf = Particles().contactForce().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
auto ct = Particles().contactTorque().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
auto acc = Particles().accelertion().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
auto rAcc = Particles().rAcceleration().BoundaryField(thisIndex).neighborProcField().deviceView();
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(
|
||||||
|
"processorBoundary::acceleration."+this->boundaryName(),
|
||||||
|
deviceRPolicyStatic(0,mass.size()),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 i){
|
||||||
|
acc[i] = cf[i]/mass[i] + g;
|
||||||
|
rAcc[i] = ct[i]/I[i];
|
||||||
|
});
|
||||||
|
Kokkos::fence();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,38 @@
|
|||||||
|
#ifndef __processorBoundarySphereParticles_hpp__
|
||||||
|
#define __processorBoundarySphereParticles_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundarySphereParticles.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class processorBoundarySphereParticles
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public boundarySphereParticles
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
/// type info
|
||||||
|
TypeInfo("boundarySphereParticles<MPI,processor>");
|
||||||
|
|
||||||
|
processorBoundarySphereParticles(
|
||||||
|
const boundaryBase &boundary,
|
||||||
|
sphereParticles& prtcls
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor(
|
||||||
|
boundarySphereParticles,
|
||||||
|
processorBoundarySphereParticles,
|
||||||
|
boundaryBase
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool acceleration(const timeInfo& ti, const realx3& g)override;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
@ -0,0 +1,70 @@
|
|||||||
|
#include "MPIParticleIdHandler.hpp"
|
||||||
|
#include "procCommunication.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::MPI::MPIParticleIdHandler::MPIParticleIdHandler
|
||||||
|
(
|
||||||
|
pointStructure& pStruct
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
particleIdHandler(pStruct)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
initialIdCheck();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::Pair<pFlow::uint32, pFlow::uint32>
|
||||||
|
pFlow::MPI::MPIParticleIdHandler::getIdRange(uint32 nNewParticles)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
uint32 startId;
|
||||||
|
if(maxId_==-1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
startId = 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
startId = maxId_+1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
uint32 endId = startId+nNewParticles-1;
|
||||||
|
maxId_ = endId;
|
||||||
|
return {startId, endId};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPIParticleIdHandler::initialIdCheck()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/// empty point structure / no particles in simulation
|
||||||
|
uint32 maxId = -1;
|
||||||
|
if( !pStruct().empty() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
maxId = max( *this );
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
auto maxIdAll = procVector<uint32>(pFlowProcessors());
|
||||||
|
auto numAll = procVector<uint32>(pFlowProcessors());
|
||||||
|
auto comm = procCommunication(pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
comm.collectAllToAll(maxId, maxIdAll);
|
||||||
|
comm.collectAllToAll(size(),numAll);
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 n = 0;
|
||||||
|
for(uint32 i=0; i<maxIdAll.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( maxIdAll[i]==-1 && numAll[i]!= 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(comm.localRank() == i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fillSequence(*this, n);
|
||||||
|
maxId_ = size()-1 + n;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(comm.localRank() == i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
maxId_ = maxIdAll[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
n += numAll[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,60 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
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------------------------------------------------------------------------------
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||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __MPIParticleIdHandler_hpp__
|
||||||
|
#define __MPIParticleIdHandler_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "particleIdHandler.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class MPIParticleIdHandler : public particleIdHandler
|
||||||
|
{
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 maxId_ = -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool initialIdCheck() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
ClassInfo("particleIdHandler<MPI>");
|
||||||
|
|
||||||
|
explicit MPIParticleIdHandler(pointStructure& pStruct);
|
||||||
|
|
||||||
|
~MPIParticleIdHandler() override = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor(
|
||||||
|
particleIdHandler,
|
||||||
|
MPIParticleIdHandler,
|
||||||
|
pointStructure
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
Pair<uint32, uint32> getIdRange(uint32 nNewParticles) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 maxId() const override
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return maxId_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__MPIParticleIdHandler_hpp__
|
@ -1,4 +1,3 @@
|
|||||||
|
|
||||||
list(APPEND SourceFiles
|
list(APPEND SourceFiles
|
||||||
types/basicTypes/bTypesFunctions.cpp
|
types/basicTypes/bTypesFunctions.cpp
|
||||||
types/basicTypes/Logical.cpp
|
types/basicTypes/Logical.cpp
|
||||||
@ -119,35 +118,27 @@ set(link_libs)
|
|||||||
set(link_libs Kokkos::kokkos tbb)
|
set(link_libs Kokkos::kokkos tbb)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
# for MPI parallelization
|
||||||
if(pFlow_Build_MPI)
|
if(pFlow_Build_MPI)
|
||||||
|
|
||||||
set(Zoltan_Install_DIR)
|
# Include the Zoltan installation check macro
|
||||||
if(DEFINED ENV{Zoltan_DIR})
|
include(${CMAKE_SOURCE_DIR}/cmake/zoltanInstallCheck.cmake)
|
||||||
set(Zoltan_Install_DIR $ENV{Zoltan_DIR})
|
|
||||||
else()
|
# set the Zoltan Directory and check/build if needed
|
||||||
set(Zoltan_Install_DIR $ENV{HOME}/PhasicFlow/Zoltan)
|
set(Zoltan_Install_DIR ${CMAKE_SOURCE_DIR}/thirdParty/Zoltan)
|
||||||
endif()
|
|
||||||
message(STATUS "Zoltan install directory is ${Zoltan_Install_DIR}")
|
# Call the macro to find or build Zoltan
|
||||||
|
zoltan_find_or_build(${Zoltan_Install_DIR})
|
||||||
set(ZOLTAN_PREFIX "${Zoltan_Install_DIR}" CACHE STRING "Zoltan install directory")
|
|
||||||
|
|
||||||
find_path(ZOLTAN_INCLUDE_DIR zoltan.h PATHS "${ZOLTAN_PREFIX}/include")
|
|
||||||
|
|
||||||
message(STATUS "Zoltan include path: ${ZOLTAN_INCLUDE_DIR}")
|
|
||||||
|
|
||||||
find_library(ZOLTAN_LIBRARY zoltan PATHS "${ZOLTAN_PREFIX}/lib")
|
|
||||||
message(STATUS "Zoltan lib path: ${ZOLTAN_LIBRARY}")
|
|
||||||
|
|
||||||
list(APPEND SourceFiles
|
list(APPEND SourceFiles
|
||||||
MPIParallelization/domain/partitioning/partitioning.cpp
|
MPIParallelization/domain/partitioning/partitioning.cpp
|
||||||
MPIParallelization/domain/partitioning/rcb1DPartitioning.cpp
|
MPIParallelization/domain/partitioning/rcb1DPartitioning.cpp
|
||||||
MPIParallelization/domain/MPISimulationDomain.cpp
|
MPIParallelization/domain/MPISimulationDomain.cpp
|
||||||
MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPIs.cpp
|
MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPIs.cpp
|
||||||
MPIParallelization/MPI/procCommunication.cpp
|
MPIParallelization/MPI/procCommunication.cpp
|
||||||
MPIParallelization/MPI/scatteredMasterDistributeChar.cpp
|
MPIParallelization/MPI/scatteredMasterDistributeChar.cpp
|
||||||
MPIParallelization/pointStructure/boundaries/boundaryProcessor.cpp
|
MPIParallelization/pointStructure/boundaries/boundaryProcessor.cpp
|
||||||
MPIParallelization/pointField/processorBoundaryFields.cpp
|
MPIParallelization/pointField/processorBoundaryFields.cpp
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
||||||
list(APPEND link_libs MPI::MPI_CXX ${ZOLTAN_LIBRARY} -lm )
|
list(APPEND link_libs MPI::MPI_CXX ${ZOLTAN_LIBRARY} -lm )
|
||||||
@ -155,8 +146,10 @@ if(pFlow_Build_MPI)
|
|||||||
target_include_directories(phasicFlow PUBLIC ./globals ${ZOLTAN_INCLUDE_DIR})
|
target_include_directories(phasicFlow PUBLIC ./globals ${ZOLTAN_INCLUDE_DIR})
|
||||||
|
|
||||||
else()
|
else()
|
||||||
pFlow_add_library_install(phasicFlow SourceFiles link_libs)
|
|
||||||
|
pFlow_add_library_install(phasicFlow SourceFiles link_libs)
|
||||||
target_include_directories(phasicFlow PUBLIC ./globals)
|
target_include_directories(phasicFlow PUBLIC ./globals)
|
||||||
|
|
||||||
endif()
|
endif()
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
106
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/gatherMaster.hpp
Normal file
106
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/gatherMaster.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,106 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __gatherMaster_hpp__
|
||||||
|
#define __gatherMaster_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <numeric>
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "procCommunication.hpp"
|
||||||
|
#include "stdVectorHelper.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class gatherMaster
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public procCommunication
|
||||||
|
{
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<T> buffer_;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
gatherMaster(const localProcessors& procs)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
procCommunication(procs)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
span<T> getData()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
return span<T>( buffer_.data(), buffer_.size());
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return span<T>(nullptr, 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<T> moveData()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return std::move(buffer_);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool gatherData(span<T> data)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int thisN = data.size();
|
||||||
|
|
||||||
|
bool succss;
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector<int> numElems(this->processors(), true);
|
||||||
|
procVector<int> displ(this->processors(), true);
|
||||||
|
|
||||||
|
if( !this->collectAllToMaster(thisN, numElems) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"error in collecting number of elements from processors"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
auto totalN = std::accumulate(
|
||||||
|
numElems.begin(),
|
||||||
|
numElems.end(),
|
||||||
|
static_cast<int>(0));
|
||||||
|
|
||||||
|
buffer_.resize(totalN);
|
||||||
|
|
||||||
|
std::exclusive_scan(
|
||||||
|
numElems.begin(),
|
||||||
|
numElems.end(),
|
||||||
|
displ.begin(),
|
||||||
|
0);
|
||||||
|
|
||||||
|
auto bufferSpan = span<T>(this->buffer_.data(),this->buffer_.size() );
|
||||||
|
|
||||||
|
return CheckMPI(
|
||||||
|
Gatherv(
|
||||||
|
data,
|
||||||
|
bufferSpan,
|
||||||
|
numElems.getSpan(),
|
||||||
|
displ.getSpan(),
|
||||||
|
this->localMasterNo(),
|
||||||
|
this->localCommunicator()),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
463
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/mpiCommunication.hpp
Normal file
463
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/mpiCommunication.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,463 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __mpiCommunication_H__
|
||||||
|
#define __mpiCommunication_H__
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "mpiTypes.hpp"
|
||||||
|
#include "types.hpp"
|
||||||
|
#include "span.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
extern DataType realx3Type__;
|
||||||
|
|
||||||
|
extern DataType realx4Type__;
|
||||||
|
|
||||||
|
extern DataType int32x3Type__;
|
||||||
|
|
||||||
|
extern DataType uint32x3Type__;
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
auto constexpr Type()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_BYTE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return sizeof(T);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<char>
|
||||||
|
auto constexpr Type()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_CHAR;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<char>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<short>
|
||||||
|
auto constexpr Type()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_SHORT;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<short>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<unsigned short>
|
||||||
|
auto constexpr Type()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_UNSIGNED_SHORT;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<unsigned short>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int>
|
||||||
|
auto constexpr Type()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_INT;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<int>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr Type<unsigned int>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_UNSIGNED;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<unsigned int>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr Type<long>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_LONG;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<long>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr Type<unsigned long>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_UNSIGNED_LONG;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<unsigned long>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr Type<float>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_FLOAT;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<float>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr Type<double>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_DOUBLE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<double>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto Type<realx3>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return realx3Type__;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<realx3>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto Type<realx4>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return realx4Type__;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<realx4>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto Type<int32x3>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return int32x3Type__;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<int32x3>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto Type<uint32x3>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return uint32x3Type__;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
auto constexpr sFactor<uint32x3>()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/*inline
|
||||||
|
auto createByteSequence(int sizeOfElement)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DataType newType;
|
||||||
|
MPI_Type_contiguous(sizeOfElement, MPI_CHAR, &newType);
|
||||||
|
MPI_Type_commit(&newType);
|
||||||
|
return newType;
|
||||||
|
}*/
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto TypeCommit(DataType* type)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Type_commit(type);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto TypeFree(DataType* type)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Type_free(type);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto getCount(Status* status, int& count)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int lCount;
|
||||||
|
auto res = MPI_Get_count(status, Type<T>(), &lCount);
|
||||||
|
count = lCount/sFactor<T>();
|
||||||
|
return res;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline int convertIndex(const int& ind)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return ind*sFactor<T>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto send(span<T> data, int dest, int tag, Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Send(
|
||||||
|
data.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*data().size(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
dest,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto send(const T& data, int dest, int tag, Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Send(
|
||||||
|
&data,
|
||||||
|
sFactor<T>(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
dest,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto Isend(span<T> data, int dest, int tag, Comm comm, Request* req)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Isend(
|
||||||
|
data.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*data.size(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
dest,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm,
|
||||||
|
req);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto Isend(const T& data, int dest, int tag, Comm comm, Request* req)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Isend(
|
||||||
|
&data,
|
||||||
|
sFactor<T>(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
dest,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm,
|
||||||
|
req);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto recv(span<T> data, int source, int tag, Comm comm, Status *status)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Recv(
|
||||||
|
data.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*data.size(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
source,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm,
|
||||||
|
status);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto recv(T& data, int source, int tag, Comm comm, Status *status)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Recv(
|
||||||
|
&data,
|
||||||
|
sFactor<T>(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
source,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm,
|
||||||
|
status);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto Irecv(T& data, int source, int tag, Comm comm, Request* req)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Irecv(
|
||||||
|
&data,
|
||||||
|
sFactor<T>(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
source,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm,
|
||||||
|
req);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto Irecv(span<T> data, int source, int tag, Comm comm, Request* req)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Irecv(
|
||||||
|
data.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*data.size(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
source,
|
||||||
|
tag,
|
||||||
|
comm,
|
||||||
|
req);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto scan(T sData, T& rData, Comm comm, Operation op = SumOp)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Scan(&sData, &rData, sFactor<T>()*1, Type<T>(), op , comm );
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// gathering one scalar data to root processor
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto gather(T sendData, span<T>& recvData, int root, Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Gather(
|
||||||
|
&sendData,
|
||||||
|
sFactor<T>()*1,
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
recvData.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*1,
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
root,
|
||||||
|
comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto allGather(T sendData, span<T>& recvData, Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Allgather(
|
||||||
|
&sendData,
|
||||||
|
sFactor<T>()*1,
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
recvData.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*1,
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto scatter(span<T> sendData, T& recvData, int root, Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Scatter(
|
||||||
|
sendData.data(),
|
||||||
|
sFactor<T>()*1,
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
&recvData,
|
||||||
|
sFactor<T>()*1,
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
root,
|
||||||
|
comm);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto Bcast(T& sendData, int root, Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Bcast(
|
||||||
|
&sendData, sFactor<T>()*1, Type<T>(), root, comm);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool typeCreateIndexedBlock(
|
||||||
|
span<int32> index,
|
||||||
|
DataType &newType)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto res = MPI_Type_create_indexed_block(
|
||||||
|
index.size(),
|
||||||
|
sFactor<T>(),
|
||||||
|
index.data(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
&newType);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(res == Success)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
TypeCommit(&newType);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline auto Gatherv
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<T> sendData,
|
||||||
|
span<T>& recvData,
|
||||||
|
span<int> recvCounts,
|
||||||
|
span<int> displs,
|
||||||
|
int root,
|
||||||
|
Comm comm)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
return MPI_Gatherv(
|
||||||
|
sendData.data(),
|
||||||
|
sendData.size()*sFactor<T>(),
|
||||||
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Type<T>(),
|
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recvData.data(),
|
||||||
|
recvCounts.data(),
|
||||||
|
displs.data(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
root,
|
||||||
|
comm
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline auto Wait(Request* request, Status* status)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return MPI_Wait(request, status);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__mpiCommunication_H__
|
71
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/mpiTypes.hpp
Normal file
71
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/mpiTypes.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,71 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __mpiTypes_H__
|
||||||
|
#define __mpiTypes_H__
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <mpi.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// types
|
||||||
|
using Comm = MPI_Comm;
|
||||||
|
using Group = MPI_Group;
|
||||||
|
using Status = MPI_Status;
|
||||||
|
using Offset = MPI_Offset;
|
||||||
|
using Request = MPI_Request;
|
||||||
|
using Operation = MPI_Op;
|
||||||
|
using Information = MPI_Info;
|
||||||
|
using DataType = MPI_Datatype;
|
||||||
|
|
||||||
|
inline Comm CommWorld = MPI_COMM_WORLD;
|
||||||
|
|
||||||
|
// all nulls
|
||||||
|
|
||||||
|
inline auto ProcNull = MPI_PROC_NULL;
|
||||||
|
inline auto InfoNull = MPI_INFO_NULL;
|
||||||
|
inline auto RequestNull = MPI_REQUEST_NULL;
|
||||||
|
inline auto StatusIgnore = MPI_STATUS_IGNORE;
|
||||||
|
inline auto StatusesIgnore = MPI_STATUSES_IGNORE;
|
||||||
|
inline auto FileNull = MPI_FILE_NULL;
|
||||||
|
inline Comm CommNull = MPI_COMM_NULL;
|
||||||
|
inline auto TypeNull = MPI_DATATYPE_NULL;
|
||||||
|
|
||||||
|
// errors
|
||||||
|
inline const auto Success = MPI_SUCCESS;
|
||||||
|
inline const auto ErrOp = MPI_ERR_OP;
|
||||||
|
|
||||||
|
inline const auto SumOp = MPI_SUM;
|
||||||
|
inline const auto MaxOp = MPI_MAX;
|
||||||
|
inline const auto MinOp = MPI_MIN;
|
||||||
|
|
||||||
|
inline const size_t MaxNoProcessors = 2048;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__mpiTypes_H__
|
30
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/procCommunication.cpp
Normal file
30
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/procCommunication.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,30 @@
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/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
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|
O C enter of
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O O E ngineering and
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O O M ultiscale modeling of
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OOOOOOO F luid flow
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------------------------------------------------------------------------------
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Copyright (C): www.cemf.ir
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email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
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------------------------------------------------------------------------------
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Licence:
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||||||
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This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
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||||||
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granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
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the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
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||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
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granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
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||||||
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implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
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-----------------------------------------------------------------------------*/
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#include "procCommunication.hpp"
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|
pFlow::MPI::procCommunication::procCommunication
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const localProcessors& proc
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
processors_(proc)
|
||||||
|
{}
|
178
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/procCommunication.hpp
Normal file
178
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/procCommunication.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,178 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
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||||||
|
O C enter of
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O O E ngineering and
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O O M ultiscale modeling of
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||||||
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OOOOOOO F luid flow
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------------------------------------------------------------------------------
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Copyright (C): www.cemf.ir
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|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
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------------------------------------------------------------------------------
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Licence:
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This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
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||||||
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granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
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||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
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|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
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||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
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|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
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-----------------------------------------------------------------------------*/
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|
#ifndef __procCommunication_hpp__
|
||||||
|
#define __procCommunication_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "procVector.hpp"
|
||||||
|
#include "localProcessors.hpp"
|
||||||
|
#include "mpiCommunication.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
class procCommunication
|
||||||
|
{
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
const localProcessors& processors_;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
procCommunication(const localProcessors& proc);
|
||||||
|
|
||||||
|
~procCommunication()=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Tell if this processor is master processor in the local
|
||||||
|
/// communicator
|
||||||
|
/// @return true if this processor is master
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
const auto& processors()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return processors_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
bool localMaster()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return processors_.localMaster();;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto localSize()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return processors_.localSize();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto localRank()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return processors_.localRank();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto localCommunicator()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return processors_.localCommunicator();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief return the master number in the local communicator
|
||||||
|
auto localMasterNo()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return processors_.localMasterNo();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// Send a single val to all processors including itself (local communicator)
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
std::pair<T,bool> distributeMasterToAll(const T& val)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
T retVal = val;
|
||||||
|
auto res = CheckMPI(
|
||||||
|
Bcast(retVal, localMasterNo(),localCommunicator() ),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
|
||||||
|
return {retVal, res};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Send a single value to all processor including master (in local communicator)
|
||||||
|
/// @param val value to be sent
|
||||||
|
/// @param recvVal recieved value
|
||||||
|
/// @return true if successful and false if fail
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool distributeMasterToAll(const T& val, T& recvVal)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
recvVal = val;
|
||||||
|
return CheckMPI(
|
||||||
|
Bcast(recvVal, localMasterNo(), localCommunicator()),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief values in the vector (size is equal to number of
|
||||||
|
// processors in local communicator) to each processor
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
std::pair<T,bool> distributeMasterToAll(const procVector<T>& vals)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
T val;
|
||||||
|
auto vec = vals.getSpan();
|
||||||
|
auto res = CheckMPI(
|
||||||
|
scatter(vec, val, localMasterNo(), localCommunicator()),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
|
||||||
|
return {val, res};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Each processor in the local communicator calls this funtion with a value
|
||||||
|
/// and the values are distributed among all processors
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
std::pair<procVector<T>, bool> collectAllToAll(const T& val)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
procVector<T> allVec(processors_);
|
||||||
|
auto vec = allVec.getSpan();
|
||||||
|
auto res = CheckMPI(
|
||||||
|
allGather(val, vec, localCommunicator()),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
return {allVec, res};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Each processor in the local communicator calls this funtion with a value
|
||||||
|
/// and the values are distributed among all processors
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool collectAllToAll(const T& val, procVector<T>& allVec)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto vec = allVec.getSpan();
|
||||||
|
return CheckMPI(
|
||||||
|
allGather(val, vec, localCommunicator()),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Each processor in the local communicator calls this function with a value
|
||||||
|
/// and all values are collected in the master processor
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
std::pair<procVector<T>,bool> collectAllToMaster(const T& val)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// only on master processor
|
||||||
|
procVector<T> masterVec(processors_, true);
|
||||||
|
|
||||||
|
auto masterSpan = masterVec.getSpan();
|
||||||
|
auto res = CheckMPI(
|
||||||
|
gather(val,masterSpan, localMasterNo(), localCommunicator()),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
|
||||||
|
return {masterVec, res};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool collectAllToMaster(const T& val, procVector<T>& masterVec)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// only on master processor
|
||||||
|
auto [vec, res] = collectAllToMaster(val);
|
||||||
|
masterVec = vec;
|
||||||
|
return res;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}; //procCommunication
|
||||||
|
|
||||||
|
} // pFlow::MPI
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__procCommunication_hpp__
|
199
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/procVector.hpp
Normal file
199
src/phasicFlow/MPIParallelization/MPI/procVector.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,199 @@
|
|||||||
|
#ifndef __procVector_hpp__
|
||||||
|
#define __procVector_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
// from PhasicFlow
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "localProcessors.hpp"
|
||||||
|
#include "span.hpp"
|
||||||
|
#include "streams.hpp"
|
||||||
|
#include "IOPattern.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "mpiTypes.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class procVector
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public std::vector<T>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using ProcVectorType = procVector<T>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using VectorType = std::vector<T>;
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
int rank_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool isMaster_ = false;
|
||||||
|
|
||||||
|
using VectorType::reserve;
|
||||||
|
|
||||||
|
using VectorType::resize;
|
||||||
|
|
||||||
|
using VectorType::assign;
|
||||||
|
|
||||||
|
using VectorType::clear;
|
||||||
|
|
||||||
|
using VectorType::erase;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(
|
||||||
|
const localProcessors& procs,
|
||||||
|
bool onlyMaster = false)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
rank_(procs.localRank()),
|
||||||
|
isMaster_(procs.localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if( onlyMaster && !isMaster_ ) return;
|
||||||
|
this->reserve(procs.localSize());
|
||||||
|
this->resize(procs.localSize());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(
|
||||||
|
const T& val,
|
||||||
|
const localProcessors& procs,
|
||||||
|
bool onlyMaster = false)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
procVector(procs, onlyMaster)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
std::fill(this->begin(), this->end(), val);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(const T& val, const procVector& src)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->reserve(src.size());
|
||||||
|
this->resize(src.size());
|
||||||
|
std::fill(this->begin(), this->end(), val);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(const localProcessors& procs, const VectorType& src)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
procVector(procs)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(src.size()!= this->size())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Size of std::vector and procVector does not match in construction"<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
this->assign(src.begin(), src.end());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(const procVector&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(procVector&&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector& operator=(const procVector&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector& operator=(procVector&&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector& operator=(const VectorType& src)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(src.size() != this->size())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Size of std::vector and procVector does not match in copy assignment"<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static_cast<VectorType&>(*this).operator=(src);
|
||||||
|
return *this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector& operator=(VectorType&& src)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(src.size() != this->size())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Size of std::vector and procVector does not match in move assignment"
|
||||||
|
<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static_cast<VectorType&>(*this).operator=(std::move(src));
|
||||||
|
return *this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector(const localProcessors& procs, VectorType&& src)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
VectorType(std::move(src))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(this->size()!= static_cast<size_t>(procs.localSize()))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Size of std::vector and procVector does not match in move"<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
isMaster_ = procs.localMaster();
|
||||||
|
rank_ = procs.localRank();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
~procVector()=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto& thisValue()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return VectorType::operator[](rank_);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
const auto& thisValue()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return VectorType::operator[](rank_);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto size()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return VectorType::size();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto rank()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return rank_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto getSpan()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return span<T>(this->data(), this->size());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto getSpan()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return span<T>(const_cast<T*>(this->data()), this->size());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool write(
|
||||||
|
iOstream& os,
|
||||||
|
const IOPattern& iop ) const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return writeStdVector(os, *this, iop);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
inline iOstream& operator << (iOstream& os, const procVector<T>& ovec )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( !ovec.write(os, IOPattern::AllProcessorsDifferent) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ioErrorInFile(os.name(), os.lineNumber());
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return os;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
@ -0,0 +1,158 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<T>::scatteredMasterDistribute
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const localProcessors& procs
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
procCommunication(procs),
|
||||||
|
indexedMap_(TypeNull, procs, true)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<T>::setDataMaps
|
||||||
|
(
|
||||||
|
procVector<span<uint32>>& maps
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(maps.size() != this->localSize() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"size mismatch";
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<int32> index;
|
||||||
|
|
||||||
|
freeIndexedMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
for(auto proc = 0; proc< maps.size(); proc++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto m = maps[proc];
|
||||||
|
index.resize(m.size());
|
||||||
|
for(auto i=0; i<index.size(); i++ )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
index[i] = m[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
DataType dt;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(! typeCreateIndexedBlock<T>( makeSpan(index), dt))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
indexedMap_[proc] = dt;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<T>::setDataMaps
|
||||||
|
(
|
||||||
|
procVector<span<int32>>& maps
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(maps.size() != this->localSize() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"size mismatch";
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
freeIndexedMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
for(auto proc = 0; proc< maps.size(); proc++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DataType dt;
|
||||||
|
if( !typeCreateIndexedBlock<T>(maps[proc], dt) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
indexedMap_[proc] = dt;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
void pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<T>::freeIndexedMap()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(auto i=0; i<indexedMap_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(indexedMap_[i]!= TypeNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
TypeFree(&indexedMap_[i]);
|
||||||
|
indexedMap_[i] = TypeNull;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<T>::distribute
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<T>& sendBuff,
|
||||||
|
span<T>& recvb
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
procVector<Request> requests(processors(), true);
|
||||||
|
procVector<Status> statuses(processors(), true);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bool res = true;
|
||||||
|
for(int32 i = indexedMap_.size()-1; i>=0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
res = res&&CheckMPI(
|
||||||
|
MPI_Issend(
|
||||||
|
sendBuff.data(),
|
||||||
|
1,
|
||||||
|
indexedMap_[i],
|
||||||
|
i,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
localCommunicator(),
|
||||||
|
&requests[i]),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!res)return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Status stat;
|
||||||
|
bool sucss = CheckMPI(
|
||||||
|
MPI_Recv(
|
||||||
|
recvb.data(),
|
||||||
|
recvb.size()*sFactor<T>(),
|
||||||
|
Type<T>(),
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
localCommunicator(),
|
||||||
|
&stat),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
CheckMPI(
|
||||||
|
MPI_Waitall(requests.size(), requests.data(), statuses.data()),
|
||||||
|
false
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return sucss;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,67 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
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------------------------------------------------------------------------------
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||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __scatteredMasterDistribute_hpp__
|
||||||
|
#define __scatteredMasterDistribute_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "mpiCommunication.hpp"
|
||||||
|
#include "procCommunication.hpp"
|
||||||
|
#include "procVector.hpp"
|
||||||
|
#include "stdVectorHelper.hpp"
|
||||||
|
#include "streams.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class scatteredMasterDistribute : public procCommunication
|
||||||
|
{
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector<DataType> indexedMap_;
|
||||||
|
|
||||||
|
void freeIndexedMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
scatteredMasterDistribute(const localProcessors& procs);
|
||||||
|
|
||||||
|
~scatteredMasterDistribute()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
freeIndexedMap();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
scatteredMasterDistribute(const scatteredMasterDistribute&) = delete;
|
||||||
|
|
||||||
|
scatteredMasterDistribute& operator=(const scatteredMasterDistribute&) =
|
||||||
|
delete;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool setDataMaps(procVector<span<uint32>>& maps);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool setDataMaps(procVector<span<int32>>& maps);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool distribute(span<T>& sendBuff, span<T>& recvb);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
} // pFlow::MPI
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "scatteredMasterDistribute.cpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__scatteredMasterDistribute_hpp__
|
@ -0,0 +1,166 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
#include "scatteredMasterDistributeChar.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<char>::scatteredMasterDistribute
|
||||||
|
(
|
||||||
|
size_t sizeOfElement,
|
||||||
|
const localProcessors& procs
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
procCommunication(procs),
|
||||||
|
indexedMap_(TypeNull, procs, true),
|
||||||
|
sizeOfElement_(sizeOfElement)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<char>::setDataMaps
|
||||||
|
(
|
||||||
|
procVector<span<uint32>>& maps
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(maps.size() != this->localSize() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"size mismatch";
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
freeIndexedMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<MPI_Aint> index;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(auto proc = 0; proc< maps.size(); proc++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto m = maps[proc];
|
||||||
|
index.resize(m.size());
|
||||||
|
for(auto i=0; i<index.size(); i++ )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
index[i] = m[i]*sizeOfElement_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
DataType dt;
|
||||||
|
MPI_Type_create_hindexed_block(
|
||||||
|
m.size(),
|
||||||
|
sizeOfElement_,
|
||||||
|
index.data(),
|
||||||
|
MPI_BYTE,
|
||||||
|
&dt);
|
||||||
|
MPI_Type_commit(&dt);
|
||||||
|
|
||||||
|
indexedMap_[proc] = dt;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<char>::setDataMaps
|
||||||
|
(
|
||||||
|
procVector<span<int32>>& maps
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(maps.size() != this->localSize() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"size mismatch";
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<MPI_Aint> index;
|
||||||
|
freeIndexedMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
for(auto proc = 0; proc< maps.size(); proc++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto m = maps[proc];
|
||||||
|
index.resize(m.size());
|
||||||
|
for(auto i=0; i<index.size(); i++ )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
index[i] = m[i]*sizeOfElement_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
DataType dt;
|
||||||
|
MPI_Type_create_hindexed_block(
|
||||||
|
index.size(),
|
||||||
|
sizeOfElement_,
|
||||||
|
index.data(),
|
||||||
|
MPI_CHAR,
|
||||||
|
&dt);
|
||||||
|
MPI_Type_commit(&dt);
|
||||||
|
|
||||||
|
indexedMap_[proc] = dt;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<char>::freeIndexedMap()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(auto i=0; i<indexedMap_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(indexedMap_[i]!= TypeNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
TypeFree(&indexedMap_[i]);
|
||||||
|
indexedMap_[i] = TypeNull;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::scatteredMasterDistribute<char>::distribute
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<char>& sendBuff,
|
||||||
|
span<char>& recvb
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
procVector<Request> requests(processors(), true);
|
||||||
|
procVector<Status> statuses(processors(), true);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bool res = true;
|
||||||
|
for(int32 i = indexedMap_.size()-1; i>=0; i--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
res = res&&CheckMPI(
|
||||||
|
MPI_Issend(
|
||||||
|
sendBuff.data(),
|
||||||
|
1,
|
||||||
|
indexedMap_[i],
|
||||||
|
i,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
localCommunicator(),
|
||||||
|
&requests[i]),
|
||||||
|
false);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!res)return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Status stat;
|
||||||
|
bool sucss = CheckMPI(
|
||||||
|
MPI_Recv(
|
||||||
|
recvb.data(),
|
||||||
|
recvb.size(),
|
||||||
|
MPI_CHAR,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
localCommunicator(),
|
||||||
|
&stat),
|
||||||
|
true);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(this->localMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
CheckMPI(
|
||||||
|
MPI_Waitall(requests.size(), requests.data(), statuses.data()),
|
||||||
|
false
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return sucss;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,66 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __scatteredMasterDistributeChar_hpp__
|
||||||
|
#define __scatteredMasterDistributeChar_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "scatteredMasterDistribute.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<>
|
||||||
|
class scatteredMasterDistribute<char> : public procCommunication
|
||||||
|
{
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
procVector<DataType> indexedMap_;
|
||||||
|
|
||||||
|
size_t sizeOfElement_;
|
||||||
|
|
||||||
|
void freeIndexedMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
scatteredMasterDistribute(
|
||||||
|
size_t sizeOfElement,
|
||||||
|
const localProcessors& procs
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
~scatteredMasterDistribute()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
freeIndexedMap();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
scatteredMasterDistribute(const scatteredMasterDistribute&) = delete;
|
||||||
|
|
||||||
|
scatteredMasterDistribute& operator=(const scatteredMasterDistribute&) =
|
||||||
|
delete;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool setDataMaps(procVector<span<uint32>>& maps);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool setDataMaps(procVector<span<int32>>& maps);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool distribute(span<char>& sendBuff, span<char>& recvb);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
} // pFlow::MPI
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__scatteredMasterDistributeChar_hpp__
|
52
src/phasicFlow/MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPI.cpp
Normal file
52
src/phasicFlow/MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPI.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,52 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::dataIOMPI<T>::gatherData(span<T> data )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(this->ioPattern_.isAllProcessorsDifferent())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->bufferSpan_ = data;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if( this->ioPattern_.isMasterProcessorDistribute())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto gatherT = pFlow::MPI::gatherMaster<T>(pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!gatherT.gatherData(data))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"Error in gathering data to master"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
this->buffer_ = gatherT.moveData();
|
||||||
|
this->bufferSpan_ = span<T>(this->buffer_.data(),this->buffer_.size() );
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if( this->ioPattern_.isMasterProcessorOnly() || this->ioPattern_.isAllProcessorSimilar() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( this->ioPattern_.isMaster() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->bufferSpan_ = data;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->bufferSpan_ = span<T>(nullptr, 0);
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
pFlow::MPI::dataIOMPI<T>::dataIOMPI(const IOPattern& iop)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
dataIO<T>(iop)
|
||||||
|
{}
|
58
src/phasicFlow/MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPI.hpp
Normal file
58
src/phasicFlow/MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPI.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,58 @@
|
|||||||
|
#ifndef __datIOMPI_hpp__
|
||||||
|
#define __datIOMPI_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "dataIO.hpp"
|
||||||
|
#include "pFlowProcessors.hpp"
|
||||||
|
#include "gatherMaster.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T>
|
||||||
|
class dataIOMPI
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public dataIO<T>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using DataIOType = dataIO<T>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using DataIOMPIType = dataIOMPI<T>;
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
bool gatherData(span<T> data ) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
TypeInfoTemplate111("dataIO",T,"MPI");
|
||||||
|
|
||||||
|
explicit dataIOMPI(const IOPattern& iop);
|
||||||
|
|
||||||
|
dataIOMPI(const dataIOMPI&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
dataIOMPI(dataIOMPI&&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
dataIOMPI& operator=(const dataIOMPI&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
dataIOMPI& operator=(dataIOMPI&&) = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
~dataIOMPI() = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor
|
||||||
|
(
|
||||||
|
DataIOType,
|
||||||
|
DataIOMPIType,
|
||||||
|
IOPattern
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
}; //dataIOMPI
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||||||
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||||||
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} //namespace pFlow::MPI
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||||||
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|
||||||
|
#include "dataIOMPI.cpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__datIOMPI_hpp__
|
27
src/phasicFlow/MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPIs.cpp
Normal file
27
src/phasicFlow/MPIParallelization/dataIOMPI/dataIOMPIs.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,27 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
#include "types.hpp"
|
||||||
|
#include "dataIOMPI.hpp"
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|
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||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::uint8>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::int8>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::int32>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::int64>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::uint32>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::uint32x3>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::uint64>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::size_t>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::real>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::realx3>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::realx4>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::dataIOMPI<pFlow::word>;
|
431
src/phasicFlow/MPIParallelization/domain/MPISimulationDomain.cpp
Normal file
431
src/phasicFlow/MPIParallelization/domain/MPISimulationDomain.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,431 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "MPISimulationDomain.hpp"
|
||||||
|
#include "systemControl.hpp"
|
||||||
|
#include "rcb1DPartitioning.hpp"
|
||||||
|
#include "scatteredMasterDistribute.hpp"
|
||||||
|
#include "scatteredMasterDistributeChar.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::MPI::MPISimulationDomain::MPISimulationDomain(systemControl& control)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
simulationDomain(control),
|
||||||
|
communication_(pFlowProcessors()),
|
||||||
|
subDomainsAll_(pFlowProcessors()),
|
||||||
|
numPointsAll_(pFlowProcessors()),
|
||||||
|
domainPartitioning_( makeUnique<rcb1DPartitioning>(subDict("decomposition"), globalBox()))
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::createBoundaryDicts()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
dictionary& boundaries = this->subDict("boundaries");
|
||||||
|
|
||||||
|
dictionary& thisBoundaries = this->subDict(thisBoundariesDictName());
|
||||||
|
|
||||||
|
auto neighbors = findPlaneNeighbors();
|
||||||
|
|
||||||
|
for(uint32 i=0; i<sizeOfBoundaries(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
word bName = bundaryName(i);
|
||||||
|
auto& bDict = thisBoundaries.subDict(bName);
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomainActive_ )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( neighbors[i] == -1 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bDict.add("neighborProcessorNo", processors::globalRank());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bDict.add("neighborProcessorNo", neighbors[i]);
|
||||||
|
bDict.addOrReplace("type", "processor");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bDict.add("neighborProcessorNo", processors::globalRank());
|
||||||
|
bDict.addOrReplace("type", "none");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if( bDict.getVal<word>("type") == "periodic")
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"periodic is not implemented "<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::setThisDomain()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisDomain_ = domain(domainPartitioning_->localBox());
|
||||||
|
uint32 thisNumPoints = initialNumberInThis();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!communication_.collectAllToAll(thisNumPoints, numPointsAll_))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Failed to distribute number of points."<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
uint32 allNumPoints = std::accumulate(numPointsAll_.begin(), numPointsAll_.end(), 0u);
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisNumPoints != 0u )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisDomainActive_ = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(communication_.localMaster()&& allNumPoints == 0u)
|
||||||
|
thisDomainActive_ = true;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
thisDomainActive_ = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomainActive_ )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
bool allInactive = true;
|
||||||
|
for(int32 i=0; i<communication_.localSize(); i++ )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i == communication_.localRank() )continue;
|
||||||
|
if(numPointsAll_[i]!=0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
allInactive = false;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(allInactive)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisDomain_ = domain(globalBox());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!communication_.collectAllToAll(thisDomain_, subDomainsAll_))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<< "Failed to distributed domains"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<int> pFlow::MPI::MPISimulationDomain::findPlaneNeighbors() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<int> neighbors(sizeOfBoundaries(), -2);
|
||||||
|
domain gDomain(globalBox());
|
||||||
|
|
||||||
|
// left
|
||||||
|
if( thisDomain_.left().parallelTouch( gDomain.left() ) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[0] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<subDomainsAll_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i == subDomainsAll_.rank())continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomain_.left().parallelTouch(
|
||||||
|
subDomainsAll_[i].right()) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[0] = i;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// right
|
||||||
|
if( thisDomain_.right().parallelTouch( gDomain.right() ) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[1] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<subDomainsAll_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(i == subDomainsAll_.rank())continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomain_.right().parallelTouch(
|
||||||
|
subDomainsAll_[i].left()) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[1] = i;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// bottom
|
||||||
|
if( thisDomain_.bottom().parallelTouch( gDomain.bottom() ) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[2] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<subDomainsAll_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i == subDomainsAll_.rank())continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomain_.bottom().parallelTouch(
|
||||||
|
subDomainsAll_[i].top()) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[2] = i;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// top
|
||||||
|
if( thisDomain_.top().parallelTouch( gDomain.top() ) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[3] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<subDomainsAll_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i == subDomainsAll_.rank())continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomain_.top().parallelTouch(
|
||||||
|
subDomainsAll_[i].bottom()) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[3] = i;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// rear
|
||||||
|
if( thisDomain_.rear().parallelTouch( gDomain.rear() ) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[4] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<subDomainsAll_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i == subDomainsAll_.rank())continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomain_.rear().parallelTouch(
|
||||||
|
subDomainsAll_[i].front()) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[4] = i;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// front
|
||||||
|
if( thisDomain_.front().parallelTouch( gDomain.front() ) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[5] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<subDomainsAll_.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i == subDomainsAll_.rank())continue;
|
||||||
|
|
||||||
|
if( thisDomain_.front().parallelTouch(
|
||||||
|
subDomainsAll_[i].rear()) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighbors[5] = i;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return neighbors;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialUpdateDomains(span<realx3> pointPos)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pFlagTypeHost flags(pointPos.size(), 0 , pointPos.size());
|
||||||
|
initialNumPoints_ = pointPos.size();
|
||||||
|
if( !domainPartitioning_->partition(pointPos, flags) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Point partitioning failed."<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!setThisDomain()) return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!createBoundaryDicts()) return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::uint32 pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialNumberInThis() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
uint32 numImport = domainPartitioning_->numberImportThisProc();
|
||||||
|
uint32 numExport = domainPartitioning_->numberExportThisProc();
|
||||||
|
return max(initialNumPoints_+ numImport - numExport, 0u);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialTransferBlockData
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<char> src,
|
||||||
|
span<char> dst,
|
||||||
|
size_t sizeOfElement
|
||||||
|
)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI::scatteredMasterDistribute<char> dataDist(sizeOfElement, pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
auto lists = domainPartitioning_->allExportLists();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.setDataMaps( lists ))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.distribute(src, dst))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Error in distribute"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialTransferBlockData
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<realx3> src,
|
||||||
|
span<realx3> dst
|
||||||
|
)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI::scatteredMasterDistribute<realx3>
|
||||||
|
dataDist(pFlowProcessors());
|
||||||
|
auto lists = domainPartitioning_->allExportLists();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.setDataMaps( lists ))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.distribute(src, dst))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Error in distribute"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialTransferBlockData
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<real> src,
|
||||||
|
span<real> dst
|
||||||
|
)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI::scatteredMasterDistribute<real>
|
||||||
|
dataDist(pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
auto lists = domainPartitioning_->allExportLists();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.setDataMaps( lists ))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.distribute(src, dst))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Error in distribute"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialTransferBlockData
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<uint32> src,
|
||||||
|
span<uint32> dst
|
||||||
|
)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI::scatteredMasterDistribute<uint32>
|
||||||
|
dataDist(pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
auto lists = domainPartitioning_->allExportLists();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.setDataMaps( lists ))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.distribute(src, dst))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Error in distribute"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::MPISimulationDomain::initialTransferBlockData
|
||||||
|
(
|
||||||
|
span<int32> src,
|
||||||
|
span<int32> dst
|
||||||
|
)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI::scatteredMasterDistribute<int32>
|
||||||
|
dataDist(pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
auto lists = domainPartitioning_->allExportLists();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.setDataMaps( lists ))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!dataDist.distribute(src, dst))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"Error in distribute"<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::uint32 pFlow::MPI::MPISimulationDomain::numberToBeImported() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return domainPartitioning_->numberImportThisProc();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::uint32 pFlow::MPI::MPISimulationDomain::numberToBeExported() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return domainPartitioning_->numberExportThisProc();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
pFlow::MPI::MPISimulationDomain::domainActive() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return thisDomainActive_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const pFlow::domain&
|
||||||
|
pFlow::MPI::MPISimulationDomain::thisDomain() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return thisDomain_;
|
||||||
|
}
|
116
src/phasicFlow/MPIParallelization/domain/MPISimulationDomain.hpp
Normal file
116
src/phasicFlow/MPIParallelization/domain/MPISimulationDomain.hpp
Normal file
@ -0,0 +1,116 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
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------------------------------------------------------------------------------
|
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Copyright (C): www.cemf.ir
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|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
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------------------------------------------------------------------------------
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Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
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||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __MPISimulationDomain_hpp__
|
||||||
|
#define __MPISimulationDomain_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "partitioning.hpp"
|
||||||
|
#include "procCommunication.hpp"
|
||||||
|
#include "procVector.hpp"
|
||||||
|
#include "simulationDomain.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class MPISimulationDomain : public simulationDomain
|
||||||
|
{
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
/// a processor communcator for simulation domain
|
||||||
|
procCommunication communication_;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// sub-domain (thisDomain_ for all processors)
|
||||||
|
procVector<domain> subDomainsAll_;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// number of points in all processors
|
||||||
|
procVector<uint32> numPointsAll_;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// partitioning object
|
||||||
|
uniquePtr<partitioning> domainPartitioning_ = nullptr;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// the acutal limits of the simulation domain in this processor
|
||||||
|
domain thisDomain_;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 initialNumPoints_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool thisDomainActive_ = false;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool createBoundaryDicts() final;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool setThisDomain() final;
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<int> findPlaneNeighbors() const;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
TypeInfo("simulationDomain<MPI>");
|
||||||
|
|
||||||
|
explicit MPISimulationDomain(systemControl& control);
|
||||||
|
|
||||||
|
~MPISimulationDomain() final = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor
|
||||||
|
(
|
||||||
|
simulationDomain,
|
||||||
|
MPISimulationDomain,
|
||||||
|
systemControl
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief
|
||||||
|
/// @param pointPos
|
||||||
|
/// @return
|
||||||
|
bool initialUpdateDomains(span<realx3> pointPos) final;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief
|
||||||
|
/// @return
|
||||||
|
uint32 initialNumberInThis() const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool initialTransferBlockData(
|
||||||
|
span<char> src,
|
||||||
|
span<char> dst,
|
||||||
|
size_t sizeOfElement
|
||||||
|
) const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool initialTransferBlockData(span<realx3> src, span<realx3> dst)
|
||||||
|
const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool initialTransferBlockData(span<real> src, span<real> dst)
|
||||||
|
const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool initialTransferBlockData(span<uint32> src, span<uint32> dst)
|
||||||
|
const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool initialTransferBlockData(span<int32> src, span<int32> dst)
|
||||||
|
const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numberToBeImported() const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numberToBeExported() const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Is this domain active?
|
||||||
|
/// Active mean, there is particle in it and
|
||||||
|
/// boundaries and other entities of simulation domains are valid
|
||||||
|
bool domainActive() const final;
|
||||||
|
|
||||||
|
const domain& thisDomain()const final;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
} // namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //
|
@ -0,0 +1,113 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "partitioning.hpp"
|
||||||
|
#include "error.hpp"
|
||||||
|
#include "streams.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::partitioning::freeZoltan()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(validPointers_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Zoltan::LB_Free_Part(&importGlobalGids_, &importLocalGids_,
|
||||||
|
&importProcs_, &importToPart_);
|
||||||
|
|
||||||
|
Zoltan::LB_Free_Part(&exportGlobalGids_, &exportLocalGids_,
|
||||||
|
&exportProcs_, &exportToPart_);
|
||||||
|
validPointers_ = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
zoltan_.release();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::partitioning::partitioning
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const dictionary& dict,
|
||||||
|
const box& globalBox
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
globalBox_(globalBox)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(!zoltanInitialized__)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto rc = Zoltan_Initialize
|
||||||
|
(
|
||||||
|
processors::argc(),
|
||||||
|
processors::argv(),
|
||||||
|
&version_
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (rc != ZOLTAN_OK)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"Cannot initialize zoltan"<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
zoltanInitialized__ = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Creates Zoltan object
|
||||||
|
zoltan_ = std::make_unique<Zoltan>(pFlowProcessors().localCommunicator());
|
||||||
|
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("DEBUG_LEVEL", "0");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("LB_METHOD", "RCB");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("NUM_GID_ENTRIES", "1");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("NUM_LID_ENTRIES", "1");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("OBJ_WEIGHT_DIM", "0");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("RETURN_LISTS", "ALL");
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::partitioning::partition(span<realx3> points, pFlagTypeHost flags)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pointCollection pointCollctn{points, flags};
|
||||||
|
|
||||||
|
return partition(pointCollctn);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
int GetObjectSize
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int num_gid_entries,
|
||||||
|
int num_lid_entries,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR global_id,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR local_id,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
pFlow::uint32 s = *(static_cast<pFlow::uint32*>(data));
|
||||||
|
return static_cast<int>(s);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void PackObject
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int num_gid_entries,
|
||||||
|
int num_lid_entries,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR global_id,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR local_id,
|
||||||
|
int dest,
|
||||||
|
int size,
|
||||||
|
char *buf,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::partitioning::migrateData(span<char> src, span<char> dst, uint32 elementSize)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dataCollection data{src, dst, elementSize};
|
||||||
|
|
||||||
|
zoltan_->Set_Obj_Size_Fn(GetObjectSize, &elementSize);
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::partitioning::~partitioning()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
freeZoltan();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::partitioning::printBox()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pOutput<< "localBox:" << localBox_<<endl;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,168 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
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------------------------------------------------------------------------------
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Copyright (C): www.cemf.ir
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|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
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------------------------------------------------------------------------------
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|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __partitioning_hpp__
|
||||||
|
#define __partitioning_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "zoltan_cpp.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "pFlowProcessors.hpp"
|
||||||
|
#include "virtualConstructor.hpp"
|
||||||
|
#include "box.hpp"
|
||||||
|
#include "span.hpp"
|
||||||
|
#include "pointFlag.hpp"
|
||||||
|
#include "procVector.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
struct pointCollection
|
||||||
|
{
|
||||||
|
span<realx3> points_;
|
||||||
|
pFlagTypeHost pFlag_;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numActivePoints()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return pFlag_.numActive();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
struct dataCollection
|
||||||
|
{
|
||||||
|
span<char> srcData_;
|
||||||
|
span<char> dstData_;
|
||||||
|
uint32 elementSize_;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
class partitioning
|
||||||
|
{
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
float version_ = 0.0;
|
||||||
|
|
||||||
|
std::unique_ptr<Zoltan> zoltan_ = nullptr;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool validPointers_ = false;
|
||||||
|
|
||||||
|
box globalBox_;
|
||||||
|
|
||||||
|
box localBox_;
|
||||||
|
|
||||||
|
int32 changes_, numImport_, numExport_;
|
||||||
|
|
||||||
|
id_t *importGlobalGids_, *importLocalGids_, *exportGlobalGids_, *exportLocalGids_;
|
||||||
|
|
||||||
|
int32 *importProcs_, *importToPart_, *exportProcs_, *exportToPart_;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numBeforePartition_ = 0 ;
|
||||||
|
|
||||||
|
static inline bool zoltanInitialized__ = false;
|
||||||
|
|
||||||
|
void freeZoltan();
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual
|
||||||
|
bool partition(pointCollection& points) = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
partitioning(
|
||||||
|
const dictionary& dict,
|
||||||
|
const box& globalBox);
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual
|
||||||
|
~partitioning();
|
||||||
|
|
||||||
|
create_vCtor(
|
||||||
|
partitioning,
|
||||||
|
dictionary,
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const dictionary& dict,
|
||||||
|
const box& globalBox
|
||||||
|
),
|
||||||
|
(dict, globalBox));
|
||||||
|
|
||||||
|
bool partition(
|
||||||
|
span<realx3> points,
|
||||||
|
pFlagTypeHost flags);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool migrateData(span<char> src, span<char> dst, uint32 elementSize);
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto localBox()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return localBox_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
const auto& globalBox()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return globalBox_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
bool partitionsChanged()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return changes_ == 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numberImportThisProc()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return numImport_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numberExportThisProc()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return numExport_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual
|
||||||
|
span<int32> exportList(int procNo)const = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual
|
||||||
|
pFlow::MPI::procVector<span<int32>> allExportLists()const=0;
|
||||||
|
|
||||||
|
void printBox()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__partitioning_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/*static
|
||||||
|
int getNumberOfPoints(void *data, int32 *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getPointList(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int32 sizeGID,
|
||||||
|
int32 sizeLID,
|
||||||
|
id_t* globalID,
|
||||||
|
id_t* localID,
|
||||||
|
int32 wgt_dim,
|
||||||
|
float *obj_wgts,
|
||||||
|
int32 *ierr);*/
|
@ -0,0 +1,330 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
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O O M ultiscale modeling of
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OOOOOOO F luid flow
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Copyright (C): www.cemf.ir
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------------------------------------------------------------------------------
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Licence:
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This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
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|
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|
||||||
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granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
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implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
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-----------------------------------------------------------------------------*/
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|
||||||
|
#include "zoltan_cpp.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "error.hpp"
|
||||||
|
#include "processors.hpp"
|
||||||
|
#include "rcb1DPartitioning.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::rcb1DPartitioning::partition(pointCollection &points)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("RCB_OUTPUT_LEVEL", "0");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("RCB_RECTILINEAR_BLOCKS", "1");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("KEEP_CUTS", "1");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("REDUCE_DIMENSIONS", "1");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("RCB_RECOMPUTE_BOX", "1");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("AVERAGE_CUTS", "0");
|
||||||
|
zoltan_->Set_Param("MIGRATE_ONLY_PROC_CHANGES", "0");
|
||||||
|
|
||||||
|
zoltan_->Set_Num_Obj_Fn(rcb1DPartitioning::getNumberOfPoints, &points);
|
||||||
|
zoltan_->Set_Obj_List_Fn(rcb1DPartitioning::getPointList, &points);
|
||||||
|
zoltan_->Set_Num_Geom_Fn(rcb1DPartitioning::getNumGeometry, &points);
|
||||||
|
switch (direction_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
case Direction::X:
|
||||||
|
zoltan_->Set_Geom_Multi_Fn(rcb1DPartitioning::getGeometryList_x, &points);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case Direction::Y:
|
||||||
|
zoltan_->Set_Geom_Multi_Fn(rcb1DPartitioning::getGeometryList_y, &points);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case Direction::Z:
|
||||||
|
zoltan_->Set_Geom_Multi_Fn(rcb1DPartitioning::getGeometryList_z, &points);
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int numGidEntries_, numLidEntries_;
|
||||||
|
int rc = zoltan_->LB_Partition(changes_, numGidEntries_, numLidEntries_,
|
||||||
|
numImport_, importGlobalGids_, importLocalGids_, importProcs_, importToPart_,
|
||||||
|
numExport_, exportGlobalGids_, exportLocalGids_, exportProcs_, exportToPart_);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if (rc != ZOLTAN_OK)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<< "Zoltan faild to perform partitioning."<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(auto& ids:exportIds_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ids.clear();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
std::vector<int32> thisProc(points.numActivePoints(),-1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(auto i =0; i<numExport_; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
exportIds_[exportProcs_[i]].push_back(exportGlobalGids_[i]);
|
||||||
|
thisProc[exportGlobalGids_[i]] = exportGlobalGids_[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<thisProc.size(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(thisProc[i]==-1)
|
||||||
|
exportIds_[0].push_back(i);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
validPointers_ = true;
|
||||||
|
|
||||||
|
int nDim;
|
||||||
|
double x0;
|
||||||
|
double y0;
|
||||||
|
double z0;
|
||||||
|
double x1;
|
||||||
|
double y1;
|
||||||
|
double z1;
|
||||||
|
zoltan_->RCB_Box
|
||||||
|
(
|
||||||
|
processors::globalRank(),
|
||||||
|
nDim,
|
||||||
|
x0, y0, z0,
|
||||||
|
x1, y1, z1
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
localBox_ = globalBox_;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(equal(x0, x1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
x0 = x0 - 0.00001;
|
||||||
|
x1 = x1 + 0.00001;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
switch (direction_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
case Direction::X :
|
||||||
|
localBox_.minPoint().x_ = x0;
|
||||||
|
localBox_.maxPoint().x_ = x1;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case Direction::Y :
|
||||||
|
localBox_.minPoint().y_ = x0;
|
||||||
|
localBox_.maxPoint().y_ = x1;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case Direction::Z :
|
||||||
|
localBox_.minPoint().z_ = x0;
|
||||||
|
localBox_.maxPoint().z_ = x1;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
localBox_.minPoint() = max(localBox_.minPoint(), globalBox_.minPoint());
|
||||||
|
localBox_.maxPoint() = min(localBox_.maxPoint(), globalBox_.maxPoint());
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::rcb1DPartitioning::rcb1DPartitioning
|
||||||
|
(
|
||||||
|
const dictionary &dict,
|
||||||
|
const box &globalBox
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
partitioning(dict, globalBox),
|
||||||
|
exportIds_(pFlowProcessors())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
word directionName = dict.getVal<word>("direction");
|
||||||
|
|
||||||
|
if(toUpper(directionName)== "X")
|
||||||
|
{
|
||||||
|
direction_ = Direction::X;
|
||||||
|
dirVector_ ={1.0, 0.0, 0.0};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if( toUpper(directionName) == "Y")
|
||||||
|
{
|
||||||
|
direction_ = Direction::Y;
|
||||||
|
dirVector_ ={0.0, 1.0, 0.0};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if( toUpper(directionName) == "Z")
|
||||||
|
{
|
||||||
|
direction_ = Direction::Z;
|
||||||
|
dirVector_ ={0.0, 0.0, 1.0};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<< "wrong direction in dictionary "<<
|
||||||
|
dict.globalName()<<". Directions should be one of x, y, or z."<<endl;
|
||||||
|
fatalError;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int pFlow::rcb1DPartitioning::getNumGeometry(void *data, int *ierr)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int pFlow::rcb1DPartitioning::getNumberOfPoints(void *data, int *ierr)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto *obj = static_cast<pointCollection *>(data);
|
||||||
|
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
|
||||||
|
return obj->numActivePoints();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::rcb1DPartitioning::getPointList
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int wgt_dim,
|
||||||
|
float *obj_wgts,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto* obj = static_cast<pointCollection *>(data);
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
|
||||||
|
auto activeRange = obj->pFlag_.activeRange();
|
||||||
|
uint32 n = 0;
|
||||||
|
for (auto i=activeRange.start(); i<activeRange.end(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( obj->pFlag_.isActive(i) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
globalID[n] = i;
|
||||||
|
localID[n] = n;
|
||||||
|
n++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::rcb1DPartitioning::getGeometryList_x
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto* obj = static_cast<pointCollection *>(data);
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( (sizeGID != 1) || (sizeLID != 1) || (num_dim != 1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_FATAL;
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
auto activeRange = obj->pFlag_.activeRange();
|
||||||
|
uint32 n = 0;
|
||||||
|
for (auto i=activeRange.start(); i<activeRange.end(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( obj->pFlag_.isActive(i) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
geom_vec[n] = obj->points_[i].x_;
|
||||||
|
n++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::rcb1DPartitioning::getGeometryList_y
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto* obj = static_cast<pointCollection *>(data);
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( (sizeGID != 1) || (sizeLID != 1) || (num_dim != 1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_FATAL;
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
auto activeRange = obj->pFlag_.activeRange();
|
||||||
|
uint32 n = 0;
|
||||||
|
for (auto i=activeRange.start(); i<activeRange.end(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( obj->pFlag_.isActive(i) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
geom_vec[n] = obj->points_[i].y_;
|
||||||
|
n++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void pFlow::rcb1DPartitioning::getGeometryList_z
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto* obj = static_cast<pointCollection *>(data);
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( (sizeGID != 1) || (sizeLID != 1) || (num_dim != 1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_FATAL;
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
auto activeRange = obj->pFlag_.activeRange();
|
||||||
|
uint32 n = 0;
|
||||||
|
for (auto i=activeRange.start(); i<activeRange.end(); i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( obj->pFlag_.isActive(i) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
geom_vec[n] = obj->points_[i].z_;
|
||||||
|
n++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,240 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __rcb1DPartitioning_hpp__
|
||||||
|
#define __rcb1DPartitioning_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "partitioning.hpp"
|
||||||
|
#include "procVector.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
class rcb1DPartitioning
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public partitioning
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
enum Direction
|
||||||
|
{
|
||||||
|
X = 0,
|
||||||
|
Y = 1,
|
||||||
|
Z = 2
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
/// Direction of partitioning
|
||||||
|
Direction direction_ = Direction::X;
|
||||||
|
|
||||||
|
realx3 dirVector_ = {1.0, 0.0, 0.0};
|
||||||
|
|
||||||
|
word directionName_ = "x";
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI::procVector<std::vector<int>> exportIds_;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool partition(pointCollection& points) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
rcb1DPartitioning(
|
||||||
|
const dictionary& dict,
|
||||||
|
const box& globalBox);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
~rcb1DPartitioning() override=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
span<int32> exportList(int procNo)const override
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return span<int32>(
|
||||||
|
const_cast<int32*>(exportIds_[procNo].data()),
|
||||||
|
exportIds_[procNo].size());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::MPI::procVector<span<int32>> allExportLists()const override
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pFlow::MPI::procVector<span<int32>> allList(pFlowProcessors());
|
||||||
|
|
||||||
|
for(int i=0; i<allList.size(); i++)
|
||||||
|
allList[i]= exportList(i);
|
||||||
|
|
||||||
|
return allList;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
int getNumGeometry(void *data, int *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
int getNumberOfPoints(void *data, int *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getPointList
|
||||||
|
(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int wgt_dim,
|
||||||
|
float *obj_wgts,
|
||||||
|
int *ierr
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getGeometryList_x(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getGeometryList_y(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getGeometryList_z(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/*class RCB_y_partitioning
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public partitioning
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
RCB_y_partitioning(int argc, char *argv[], pointCollection& collection, const box& gBox)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
partitioning(argc, argv, collection, gBox)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual
|
||||||
|
~RCB_y_partitioning()=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool partition() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getGeometryList(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
auto* obj = static_cast<pointCollection *>(data);
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( (sizeGID != 1) || (sizeLID != 1) || (num_dim != 1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_FATAL;
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int i=0; i < num_obj ; i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
geom_vec[i] = obj->pointList()[i].y_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
int getNumGeometry(void *data, int *ierr)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
*ierr = ZOLTAN_OK;
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
class RCB_x_partitioning
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public partitioning
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
RCB_x_partitioning(int argc, char *argv[], pointCollection& collection, const box& gBox)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
partitioning(argc, argv, collection, gBox)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
virtual
|
||||||
|
~RCB_x_partitioning()=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
bool partition() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
void getGeometryList(
|
||||||
|
void *data,
|
||||||
|
int sizeGID,
|
||||||
|
int sizeLID,
|
||||||
|
int num_obj,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR globalID,
|
||||||
|
ZOLTAN_ID_PTR localID,
|
||||||
|
int num_dim,
|
||||||
|
double *geom_vec,
|
||||||
|
int *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
static
|
||||||
|
int getNumGeometry(void *data, int *ierr);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
};*/
|
||||||
|
|
||||||
|
} // pFlow
|
||||||
|
#endif //__rcb1DPartitioning_hpp__
|
@ -0,0 +1,284 @@
|
|||||||
|
#include "processorBoundaryField.hpp"
|
||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
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OOOOOOO F luid flow
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------------------------------------------------------------------------------
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Copyright (C): www.cemf.ir
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email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
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------------------------------------------------------------------------------
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Licence:
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||||||
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This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
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||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
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-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
void
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::checkDataRecieved() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (!dataRecieved_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
uint32 nRecv = neighborProcField_.waitBufferForUse();
|
||||||
|
dataRecieved_ = true;
|
||||||
|
if (nRecv != this->neighborProcSize())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"number of recived data is "<< nRecv <<" and expected number is "<<
|
||||||
|
this->neighborProcSize()<< " in "<<this->name() <<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
//pOutput<<"field data "<< this->name()<<" has recieved with size "<< nRecv<<endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::updateBoundary(
|
||||||
|
int step,
|
||||||
|
DataDirection direction
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
#ifndef BoundaryModel1
|
||||||
|
if(!this->boundary().performBoundarytUpdate())
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
if (step == 1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Isend
|
||||||
|
if (direction == DataDirection::TwoWay ||
|
||||||
|
( this->isBoundaryMaster() && direction == DataDirection::MasterToSlave) ||
|
||||||
|
(!this->isBoundaryMaster() && direction == DataDirection::SlaveToMaster))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_.sendData(pFlowProcessors(), this->thisField(), this->name());
|
||||||
|
dataRecieved_ = false;
|
||||||
|
//pOutput<<"request for boundary update "<< this->name()<<" direction "<< (int)direction<<endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (step == 2)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// Irecv
|
||||||
|
if (direction == DataDirection::TwoWay ||
|
||||||
|
(!this->isBoundaryMaster() && direction == DataDirection::MasterToSlave) ||
|
||||||
|
( this->isBoundaryMaster() && direction == DataDirection::SlaveToMaster))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighborProcField_.recieveData(pFlowProcessors(), this->neighborProcSize(), this->name());
|
||||||
|
dataRecieved_ = false;
|
||||||
|
//pOutput<<"request for boundary update "<< this->name()<<" direction "<< (int)direction<<endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction << "Invalid step number " << step << endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::processorBoundaryField(
|
||||||
|
const boundaryBase& boundary,
|
||||||
|
const pointStructure& pStruct,
|
||||||
|
InternalFieldType& internal
|
||||||
|
)
|
||||||
|
: BoundaryFieldType(boundary, pStruct, internal),
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_(
|
||||||
|
groupNames("sendBuffer", this->name()),
|
||||||
|
boundary.neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
boundary.thisBoundaryIndex()
|
||||||
|
),
|
||||||
|
neighborProcField_(
|
||||||
|
groupNames("recieveBuffer", boundary.name()),
|
||||||
|
boundary.neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
boundary.mirrorBoundaryIndex()
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
this->addEvent(message::BNDR_PROCTRANSFER_SEND).
|
||||||
|
addEvent(message::BNDR_PROCTRANSFER_RECIEVE).
|
||||||
|
addEvent(message::BNDR_PROCTRANSFER_WAITFILL).
|
||||||
|
addEvent(message::BNDR_PROC_SIZE_CHANGED);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
typename pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::ProcVectorType&
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::neighborProcField()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
checkDataRecieved();
|
||||||
|
return neighborProcField_.buffer();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
const typename pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::
|
||||||
|
ProcVectorType&
|
||||||
|
pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::neighborProcField() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
checkDataRecieved();
|
||||||
|
return neighborProcField_.buffer();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::hearChanges(
|
||||||
|
real t,
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
uint32 iter,
|
||||||
|
const message& msg,
|
||||||
|
const anyList& varList
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
BoundaryFieldType::hearChanges(t,dt,iter, msg,varList);
|
||||||
|
if(msg.equivalentTo(message::BNDR_PROC_SIZE_CHANGED))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto newProcSize = varList.getObject<uint32>("size");
|
||||||
|
neighborProcField_.resize(newProcSize);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(msg.equivalentTo(message::BNDR_PROCTRANSFER_SEND))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto& indices = varList.getObject<uint32Vector_D>(
|
||||||
|
message::eventName(message::BNDR_PROCTRANSFER_SEND)
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
if constexpr( isDeviceAccessible<execution_space>())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
FieldAccessType transferData(
|
||||||
|
indices.size(),
|
||||||
|
indices.deviceViewAll(),
|
||||||
|
this->internal().deviceViewAll()
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_.sendData(pFlowProcessors(),transferData);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
FieldAccessType transferData(
|
||||||
|
indices.size(),
|
||||||
|
indices.hostViewAll(),
|
||||||
|
this->internal().deviceViewAll()
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_.sendData(pFlowProcessors(),transferData);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(msg.equivalentTo(message::BNDR_PROCTRANSFER_RECIEVE))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
uint32 numRecieved = varList.getObject<uint32>(
|
||||||
|
message::eventName(message::BNDR_PROCTRANSFER_RECIEVE)
|
||||||
|
);
|
||||||
|
neighborProcField_.recieveData(pFlowProcessors(), numRecieved);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(msg.equivalentTo(message::BNDR_PROCTRANSFER_WAITFILL))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numRecieved = neighborProcField_.waitBufferForUse();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(msg.equivalentTo(message::CAP_CHANGED))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto newCap = varList.getObject<uint32>(
|
||||||
|
message::eventName(message::CAP_CHANGED));
|
||||||
|
this->internal().field().reserve(newCap);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(msg.equivalentTo(message::SIZE_CHANGED))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
auto newSize = varList.getObject<uint32>(
|
||||||
|
message::eventName(message::SIZE_CHANGED));
|
||||||
|
this->internal().field().resize(newSize);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& indices = varList.getObject<uint32IndexContainer>(
|
||||||
|
message::eventName(message::ITEM_INSERT));
|
||||||
|
|
||||||
|
this->internal().field().insertSetElement(indices, neighborProcField_.buffer().deviceView());
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template <class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
void pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::sendBackData() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighborProcField_.sendBackData(pFlowProcessors());
|
||||||
|
dataRecieved_ = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template <class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
void pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::recieveBackData() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_.recieveBackData(pFlowProcessors(), this->size());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template <class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
void pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::addBufferToInternalField()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
using RPolicy = Kokkos::RangePolicy<
|
||||||
|
execution_space,
|
||||||
|
Kokkos::Schedule<Kokkos::Static>,
|
||||||
|
Kokkos::IndexType<pFlow::uint32>>;
|
||||||
|
|
||||||
|
//pOutput<<"waiting for buffer to be recived in addBufferToInternalField "<<this->name()<<endl;
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_.waitBufferForUse();
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& buffView = thisFieldInNeighbor_.buffer().deviceViewAll();
|
||||||
|
const auto& field = this->internal().deviceViewAll();
|
||||||
|
|
||||||
|
if constexpr( isDeviceAccessible<execution_space> )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto& indices = this->indexList().deviceViewAll();
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(
|
||||||
|
"recieveBackData::"+this->name(),
|
||||||
|
RPolicy(0,this->size()),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
field[indices[i]] += buffView[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
);
|
||||||
|
Kokkos::fence();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const auto& indices = this->boundary().indexListHost().deviceViewAll();
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(
|
||||||
|
"recieveBackData::"+this->name(),
|
||||||
|
RPolicy(0,this->size()),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
field[indices[i]] += buffView[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
);
|
||||||
|
Kokkos::fence();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template <class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
void pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::updateBoundaryToMaster()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (!this->isBoundaryMaster() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisFieldInNeighbor_.sendData(pFlowProcessors(), this->thisField(), this->name());
|
||||||
|
dataRecieved_ = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template <class T, class MemorySpace>
|
||||||
|
void pFlow::MPI::processorBoundaryField<T, MemorySpace>::updateBoundaryFromSlave()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if( this->isBoundaryMaster() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighborProcField_.recieveData(pFlowProcessors(), this->neighborProcSize(), this->name());
|
||||||
|
dataRecieved_ = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,117 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
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O C enter of
|
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O O E ngineering and
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O O M ultiscale modeling of
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OOOOOOO F luid flow
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Copyright (C): www.cemf.ir
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Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
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||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
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||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
#ifndef __processorBoundaryField_hpp__
|
||||||
|
#define __processorBoundaryField_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundaryField.hpp"
|
||||||
|
#include "dataSender.hpp"
|
||||||
|
#include "dataReciever.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryProcessor.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template< class T, class MemorySpace = void>
|
||||||
|
class processorBoundaryField
|
||||||
|
:
|
||||||
|
public boundaryField<T, MemorySpace>
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using processorBoundaryFieldType = processorBoundaryField<T, MemorySpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using BoundaryFieldType = boundaryField<T, MemorySpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using InternalFieldType = typename BoundaryFieldType::InternalFieldType;
|
||||||
|
|
||||||
|
using memory_space = typename BoundaryFieldType::memory_space;
|
||||||
|
|
||||||
|
using execution_space = typename BoundaryFieldType::execution_space;
|
||||||
|
|
||||||
|
using FieldAccessType = typename BoundaryFieldType::FieldAccessType;
|
||||||
|
|
||||||
|
using ProcVectorType = typename BoundaryFieldType::ProcVectorType;
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable dataSender<T, MemorySpace> thisFieldInNeighbor_;
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable dataReciever<T, MemorySpace> neighborProcField_;
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable bool dataRecieved_ = true;
|
||||||
|
|
||||||
|
void checkDataRecieved()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool updateBoundary(int step, DataDirection direction);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
TypeInfoTemplate211("boundaryField","processor", T, memory_space::name());
|
||||||
|
|
||||||
|
processorBoundaryField(
|
||||||
|
const boundaryBase& boundary,
|
||||||
|
const pointStructure& pStruct,
|
||||||
|
InternalFieldType& internal);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
~processorBoundaryField()override = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor
|
||||||
|
(
|
||||||
|
BoundaryFieldType,
|
||||||
|
processorBoundaryFieldType,
|
||||||
|
boundaryBase
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
ProcVectorType& neighborProcField() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
const ProcVectorType& neighborProcField()const override;
|
||||||
|
|
||||||
|
void fill(const T& val)override
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighborProcField_.fill(val);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool hearChanges(
|
||||||
|
real t,
|
||||||
|
real dt,
|
||||||
|
uint32 iter,
|
||||||
|
const message& msg,
|
||||||
|
const anyList& varList
|
||||||
|
) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
void sendBackData()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
void recieveBackData()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
void addBufferToInternalField()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
void updateBoundaryToMaster()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
void updateBoundaryFromSlave()const;
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "processorBoundaryField.cpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__processorBoundaryField_hpp__
|
@ -0,0 +1,24 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
//#include "Field.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "processorBoundaryField.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::uint8>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::uint8, pFlow::HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::uint32>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::uint32, pFlow::HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::uint64>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::uint64, pFlow::HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::real>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::real, pFlow::HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::realx3>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::realx3, pFlow::HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::realx4>;
|
||||||
|
template class pFlow::MPI::processorBoundaryField<pFlow::realx4, pFlow::HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,432 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
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O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
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O O M ultiscale modeling of
|
||||||
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OOOOOOO F luid flow
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||||||
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------------------------------------------------------------------------------
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||||||
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Copyright (C): www.cemf.ir
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email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
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||||||
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Licence:
|
||||||
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This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundaryProcessor.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryProcessorKernels.hpp"
|
||||||
|
#include "dictionary.hpp"
|
||||||
|
#include "mpiCommunication.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryBaseKernels.hpp"
|
||||||
|
#include "internalPoints.hpp"
|
||||||
|
#include "Time.hpp"
|
||||||
|
#include "anyList.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::checkDataRecieved() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (!dataRecieved_)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
uint32 nRecv = neighborProcPoints_.waitBufferForUse();
|
||||||
|
dataRecieved_ = true;
|
||||||
|
if (nRecv != neighborProcSize())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<"In boundary "<<this->name()<<
|
||||||
|
" ,number of recieved data is "<< nRecv<<
|
||||||
|
" and neighborProcSize is "<<neighborProcSize()<<endl;
|
||||||
|
fatalExit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::boundaryProcessor(
|
||||||
|
const dictionary& dict,
|
||||||
|
const plane& bplane,
|
||||||
|
internalPoints& internal,
|
||||||
|
boundaryList& bndrs,
|
||||||
|
uint32 thisIndex
|
||||||
|
)
|
||||||
|
: boundaryBase(dict, bplane, internal, bndrs, thisIndex),
|
||||||
|
thisPointsInNeighbor_(
|
||||||
|
groupNames("sendBuffer", name()),
|
||||||
|
neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
thisBoundaryIndex()
|
||||||
|
),
|
||||||
|
neighborProcPoints_(
|
||||||
|
groupNames("neighborProcPoints", name()),
|
||||||
|
neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
mirrorBoundaryIndex()
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::beforeIteration(
|
||||||
|
uint32 step,
|
||||||
|
const timeInfo& ti,
|
||||||
|
bool updateIter,
|
||||||
|
bool iterBeforeUpdate ,
|
||||||
|
bool& callAgain
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(step == 1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
boundaryBase::beforeIteration(step, ti, updateIter, iterBeforeUpdate, callAgain);
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 2 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef BoundaryModel1
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
if(!performBoundarytUpdate())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
thisNumPoints_ = size();
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI_Isend(
|
||||||
|
&thisNumPoints_,
|
||||||
|
1,
|
||||||
|
MPI_UNSIGNED,
|
||||||
|
neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
thisBoundaryIndex(),
|
||||||
|
pFlowProcessors().localCommunicator(),
|
||||||
|
&numPointsRequest0_);
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI_Irecv(
|
||||||
|
&neighborProcNumPoints_,
|
||||||
|
1,
|
||||||
|
MPI_UNSIGNED,
|
||||||
|
neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
mirrorBoundaryIndex(),
|
||||||
|
pFlowProcessors().localCommunicator(),
|
||||||
|
&numPointsRequest_
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 3 )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(numPointsRequest_ != RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI_Wait(&numPointsRequest_, MPI_STATUS_IGNORE);
|
||||||
|
if(numPointsRequest0_!= RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI_Wait(&numPointsRequest0_, MPI_STATUS_IGNORE);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Size has not been changed. Notification is not required.
|
||||||
|
if(neighborProcNumPoints_ == neighborProcPoints_.size()) return true;
|
||||||
|
|
||||||
|
anyList varList;
|
||||||
|
message msg;
|
||||||
|
|
||||||
|
varList.emplaceBack(msg.addAndName(message::BNDR_PROC_SIZE_CHANGED), neighborProcNumPoints_);
|
||||||
|
|
||||||
|
if( !notify(ti.iter(), ti.t(), ti.dt(), msg, varList) )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 4)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dataRecieved_ = false;
|
||||||
|
if ( !isBoundaryMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
thisPointsInNeighbor_.sendData(pFlowProcessors(), thisPoints(),"positions");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (isBoundaryMaster())
|
||||||
|
{
|
||||||
|
neighborProcPoints_.recieveData(pFlowProcessors(), neighborProcSize(), "positions");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::uint32
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::neighborProcSize() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return neighborProcNumPoints_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::realx3Vector_D&
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::neighborProcPoints()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
checkDataRecieved();
|
||||||
|
return neighborProcPoints_.buffer();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const pFlow::realx3Vector_D&
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::neighborProcPoints() const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
checkDataRecieved();
|
||||||
|
return neighborProcPoints_.buffer();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::updataBoundaryData(int step)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool pFlow::MPI::boundaryProcessor::transferData(
|
||||||
|
uint32 iter,
|
||||||
|
int step,
|
||||||
|
bool& callAgain
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if( !iterBeforeBoundaryUpdate() )
|
||||||
|
{
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(step == 1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32Vector_D transferFlags("transferFlags"+this->name());
|
||||||
|
|
||||||
|
numToTransfer_ = markInNegativeSide(
|
||||||
|
"transferData::markToTransfer"+this->name(),
|
||||||
|
transferFlags);
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32Vector_D keepIndices("keepIndices");
|
||||||
|
|
||||||
|
if(numToTransfer_ != 0u)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pFlow::boundaryBaseKernels::createRemoveKeepIndices
|
||||||
|
(
|
||||||
|
indexList(),
|
||||||
|
numToTransfer_,
|
||||||
|
transferFlags,
|
||||||
|
transferIndices_,
|
||||||
|
keepIndices,
|
||||||
|
false
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
// delete transfer point from this processor
|
||||||
|
if( !setRemoveKeepIndices(transferIndices_, keepIndices))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"error in setting transfer and keep points in boundary "<< name()<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
transferIndices_.clear();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CheckMPI( Isend(
|
||||||
|
numToTransfer_,
|
||||||
|
neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
thisBoundaryIndex(),
|
||||||
|
pFlowProcessors().localCommunicator(),
|
||||||
|
&numTransferRequest_), true );
|
||||||
|
|
||||||
|
CheckMPI(Irecv(
|
||||||
|
numToRecieve_,
|
||||||
|
neighborProcessorNo(),
|
||||||
|
mirrorBoundaryIndex(),
|
||||||
|
pFlowProcessors().localCommunicator(),
|
||||||
|
&numRecieveRequest_), true);
|
||||||
|
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step ==2) // to transferData to neighbor
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(numTransferRequest_!= RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Wait(&numTransferRequest_, StatusIgnore);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if( numToTransfer_ == 0u)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
pointFieldAccessType transferPoints(
|
||||||
|
transferIndices_.size(),
|
||||||
|
transferIndices_.deviceViewAll(),
|
||||||
|
internal().pointPositionDevice()
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
// this buffer is used temporarily
|
||||||
|
thisPointsInNeighbor_.sendData(pFlowProcessors(), transferPoints);
|
||||||
|
|
||||||
|
message msg;
|
||||||
|
anyList varList;
|
||||||
|
varList.emplaceBack(
|
||||||
|
msg.addAndName(message::BNDR_PROCTRANSFER_SEND),
|
||||||
|
transferIndices_);
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto ti = internal().time().TimeInfo();
|
||||||
|
|
||||||
|
if(!notify(ti, msg, varList)
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 3) // to recieve data
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
if(numRecieveRequest_ != RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Wait(&numRecieveRequest_, StatusIgnore);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(numToRecieve_ == 0u)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// this buffer is being used temporarily
|
||||||
|
neighborProcPoints_.recieveData(pFlowProcessors(), numToRecieve_);
|
||||||
|
|
||||||
|
message msg;
|
||||||
|
anyList varList;
|
||||||
|
varList.emplaceBack(
|
||||||
|
msg.addAndName(message::BNDR_PROCTRANSFER_RECIEVE),
|
||||||
|
numToRecieve_);
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto ti = internal().time().TimeInfo();
|
||||||
|
if(!notify( ti, msg, varList))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
callAgain = true;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(step == 4) // to insert data
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(numToRecieve_ == 0u)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// points should be inserted first
|
||||||
|
message msg(message::BNDR_PROCTRANSFER_WAITFILL);
|
||||||
|
anyList varList;
|
||||||
|
|
||||||
|
neighborProcPoints_.waitBufferForUse();
|
||||||
|
internal().insertPointsOnly(neighborProcPoints_.buffer(), msg, varList);
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& indices = varList.getObject<uint32IndexContainer>(message::eventName(message::ITEM_INSERT));
|
||||||
|
|
||||||
|
auto indView = deviceViewType1D<uint32>(indices.deviceView().data(), indices.deviceView().size());
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32Vector_D newIndices("newIndices", indView);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(! appendNewIndices(newIndices))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto ti = internal().time().TimeInfo();
|
||||||
|
if(!notify(ti, msg, varList))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction;
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
callAgain = false;
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::iterate(const timeInfo& ti)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool
|
||||||
|
pFlow::MPI::boundaryProcessor::afterIteration(const timeInfo& ti)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 s = size();
|
||||||
|
pOutput<<"size of boundary is "<< s <<endl;
|
||||||
|
uint32Vector_D transferFlags("transferFlags",s+1, s+1, RESERVE());
|
||||||
|
transferFlags.fill(0u);
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& transferD = transferFlags.deviceViewAll();
|
||||||
|
auto points = thisPoints();
|
||||||
|
auto p = boundaryPlane().infPlane();
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numTransfer = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_reduce
|
||||||
|
(
|
||||||
|
"boundaryProcessor::afterIteration",
|
||||||
|
deviceRPolicyStatic(0,s),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 i, uint32& transferToUpdate)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(p.pointInNegativeSide(points(i)))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
transferD(i)=1;
|
||||||
|
transferToUpdate++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
numTransfer
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
pOutput<<"Numebr to be transfered "<< numTransfer<<endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32Vector_D transferIndices("transferIndices");
|
||||||
|
uint32Vector_D keepIndices("keepIndices");
|
||||||
|
|
||||||
|
pFlow::boundaryBaseKernels::createRemoveKeepIndices
|
||||||
|
(
|
||||||
|
indexList(),
|
||||||
|
numTransfer,
|
||||||
|
transferFlags,
|
||||||
|
transferIndices,
|
||||||
|
keepIndices
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
// delete transfer point from this processor
|
||||||
|
if( !setRemoveKeepIndices(transferIndices, keepIndices))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fatalErrorInFunction<<
|
||||||
|
"error in setting transfer and keep points in boundary "<< name()<<endl;
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,137 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __boundaryProcessor_hpp__
|
||||||
|
#define __boundaryProcessor_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "boundaryBase.hpp"
|
||||||
|
#include "timeInfo.hpp"
|
||||||
|
#include "mpiTypes.hpp"
|
||||||
|
#include "dataSender.hpp"
|
||||||
|
#include "dataReciever.hpp"
|
||||||
|
#include "boundaryConfigs.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
class boundaryProcessor
|
||||||
|
: public boundaryBase
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using pointFieldAccessType = typename boundaryBase::pointFieldAccessType;
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 neighborProcNumPoints_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 thisNumPoints_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
Request numPointsRequest_ = RequestNull;
|
||||||
|
|
||||||
|
Request numPointsRequest0_ = RequestNull;
|
||||||
|
|
||||||
|
dataSender<realx3> thisPointsInNeighbor_;
|
||||||
|
|
||||||
|
dataReciever<realx3> neighborProcPoints_;
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable bool dataRecieved_ = true;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numToTransfer_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numToRecieve_ = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32Vector_D transferIndices_{"transferIndices"};
|
||||||
|
|
||||||
|
Request numTransferRequest_ = RequestNull;
|
||||||
|
|
||||||
|
Request numRecieveRequest_ = RequestNull;
|
||||||
|
|
||||||
|
void checkDataRecieved() const;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Update processor boundary data for this processor
|
||||||
|
/// @param step It is either 1 or 2 in the input to indicate
|
||||||
|
/// the update step
|
||||||
|
/// @return true if successful
|
||||||
|
/// @details This method is called by boundaryList two times to
|
||||||
|
/// allow processor boundaries to exchange data in two steps.
|
||||||
|
/// The first step is a buffered non-blocking send and the second
|
||||||
|
/// step is non-blocking recieve to get data.
|
||||||
|
bool updataBoundaryData(int step) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool transferData(uint32 iter, int step, bool& callAgain) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
TypeInfo("boundary<processor>");
|
||||||
|
|
||||||
|
boundaryProcessor(
|
||||||
|
const dictionary &dict,
|
||||||
|
const plane &bplane,
|
||||||
|
internalPoints &internal,
|
||||||
|
boundaryList &bndrs,
|
||||||
|
uint32 thisIndex);
|
||||||
|
|
||||||
|
~boundaryProcessor() override = default;
|
||||||
|
|
||||||
|
add_vCtor(
|
||||||
|
boundaryBase,
|
||||||
|
boundaryProcessor,
|
||||||
|
dictionary);
|
||||||
|
|
||||||
|
bool beforeIteration(
|
||||||
|
uint32 step,
|
||||||
|
const timeInfo& ti,
|
||||||
|
bool updateIter,
|
||||||
|
bool iterBeforeUpdate ,
|
||||||
|
bool& callAgain
|
||||||
|
) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool iterate(const timeInfo& ti) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
bool afterIteration(const timeInfo& ti) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Return number of points in the neighbor processor boundary.
|
||||||
|
/// This is overriden from boundaryBase.
|
||||||
|
uint32 neighborProcSize() const override;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Return a reference to point positions in the neighbor
|
||||||
|
/// processor boundary.
|
||||||
|
realx3Vector_D &neighborProcPoints() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
/// @brief Return a const reference to point positions in the
|
||||||
|
/// neighbor processor boundary.
|
||||||
|
const realx3Vector_D &neighborProcPoints() const override;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numToTransfer()const override
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return numToTransfer_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 numToRecieve()const override
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return numToRecieve_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
} // namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__boundaryProcessor_hpp__
|
@ -0,0 +1,56 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "phasicFlowKokkos.hpp"
|
||||||
|
#include "infinitePlane.hpp"
|
||||||
|
#include "scatteredFieldAccess.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::boundaryProcessorKernels
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
struct markNegative
|
||||||
|
{
|
||||||
|
markNegative(const infinitePlane& pl,
|
||||||
|
const deviceViewType1D<uint32>& f,
|
||||||
|
const deviceScatteredFieldAccess<realx3>& p
|
||||||
|
)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
plane_(pl),
|
||||||
|
flags_(f),
|
||||||
|
points_(p)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
infinitePlane plane_;
|
||||||
|
deviceViewType1D<uint32> flags_;
|
||||||
|
deviceScatteredFieldAccess<realx3> points_;
|
||||||
|
|
||||||
|
INLINE_FUNCTION_HD
|
||||||
|
void operator()(uint32 i, uint32& transferToUpdate)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(plane_.pointInNegativeSide(points_(i)))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
flags_(i)=1;
|
||||||
|
transferToUpdate++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
@ -0,0 +1,135 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __dataReciever_hpp__
|
||||||
|
#define __dataReciever_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "span.hpp"
|
||||||
|
#include "localProcessors.hpp"
|
||||||
|
#include "mpiCommunication.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T, typename MemorySpace=void>
|
||||||
|
class dataReciever
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using BufferVectorType = VectorSingle<T, MemorySpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using BufferVectorTypeHost = VectorSingle<T, HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using memory_space = typename BufferVectorType::memory_space;
|
||||||
|
|
||||||
|
using execution_space = typename BufferVectorType::execution_space;
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
BufferVectorType buffer_;
|
||||||
|
|
||||||
|
int fromProc_;
|
||||||
|
|
||||||
|
int tag_;
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable Request recvRequest_ = RequestNull;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
dataReciever(const word& name, int from, int tag)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
buffer_(name),
|
||||||
|
fromProc_(from),
|
||||||
|
tag_(tag)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
~dataReciever()=default;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 waitBufferForUse()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(recvRequest_ != RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Status status;
|
||||||
|
MPI_Wait(&recvRequest_, &status);
|
||||||
|
int count;
|
||||||
|
CheckMPI(getCount<T>(&status, count), true);
|
||||||
|
|
||||||
|
return static_cast<uint32>(count);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return buffer_.size();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void sendBackData(
|
||||||
|
const localProcessors& processors)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
CheckMPI(
|
||||||
|
Isend(
|
||||||
|
buffer_.getSpan(),
|
||||||
|
fromProc_,
|
||||||
|
tag_,
|
||||||
|
processors.localCommunicator(),
|
||||||
|
&recvRequest_
|
||||||
|
),
|
||||||
|
true
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void recieveData(
|
||||||
|
const localProcessors& processors,
|
||||||
|
uint32 numToRecv,
|
||||||
|
const word& name = "dataReciver"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
resize(numToRecv);
|
||||||
|
|
||||||
|
CheckMPI(
|
||||||
|
Irecv(
|
||||||
|
buffer_.getSpan(),
|
||||||
|
fromProc_,
|
||||||
|
tag_,
|
||||||
|
processors.localCommunicator(),
|
||||||
|
&recvRequest_
|
||||||
|
),
|
||||||
|
true
|
||||||
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
auto& buffer()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return buffer_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
const auto& buffer()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return buffer_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
void fill(const T& val)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
waitBufferForUse();
|
||||||
|
buffer_.fill(val);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
uint32 size()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return buffer_.size();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
void resize(uint32 newSize)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
waitBufferForUse();
|
||||||
|
buffer_.clear();
|
||||||
|
buffer_.resize(newSize);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__dataReciever_hpp__
|
@ -0,0 +1,202 @@
|
|||||||
|
/*------------------------------- phasicFlow ---------------------------------
|
||||||
|
O C enter of
|
||||||
|
O O E ngineering and
|
||||||
|
O O M ultiscale modeling of
|
||||||
|
OOOOOOO F luid flow
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Copyright (C): www.cemf.ir
|
||||||
|
email: hamid.r.norouzi AT gmail.com
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Licence:
|
||||||
|
This file is part of phasicFlow code. It is a free software for simulating
|
||||||
|
granular and multiphase flows. You can redistribute it and/or modify it under
|
||||||
|
the terms of GNU General Public License v3 or any other later versions.
|
||||||
|
|
||||||
|
phasicFlow is distributed to help others in their research in the field of
|
||||||
|
granular and multiphase flows, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the
|
||||||
|
implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
|
||||||
|
|
||||||
|
-----------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef __dataSender_hpp__
|
||||||
|
#define __dataSender_hpp__
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "VectorSingles.hpp"
|
||||||
|
#include "localProcessors.hpp"
|
||||||
|
#include "mpiCommunication.hpp"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace pFlow::MPI
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
template<typename T, typename MemorySpace=void>
|
||||||
|
class dataSender
|
||||||
|
{
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
using BufferVectorType = VectorSingle<T, MemorySpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using BufferVectorTypeHost = VectorSingle<T, HostSpace>;
|
||||||
|
|
||||||
|
using memory_space = typename BufferVectorType::memory_space;
|
||||||
|
|
||||||
|
using execution_space = typename BufferVectorType::execution_space;
|
||||||
|
|
||||||
|
// This is device vector
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable BufferVectorType buffer_;
|
||||||
|
|
||||||
|
int toProc_;
|
||||||
|
|
||||||
|
int tag_;
|
||||||
|
|
||||||
|
mutable Request sendRequest_ = RequestNull;
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
dataSender(const word& name, int toProc, int tag)
|
||||||
|
:
|
||||||
|
toProc_(toProc),
|
||||||
|
tag_(tag)
|
||||||
|
{}
|
||||||
|
|
||||||
|
~dataSender()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(sendRequest_ != RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI_Request_free(&sendRequest_);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool waitBufferForUse()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(sendRequest_ != RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI_Wait(&sendRequest_, StatusesIgnore);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void sendData(
|
||||||
|
const localProcessors& processors,
|
||||||
|
const scatteredFieldAccess<T, memory_space>& scatterField,
|
||||||
|
const word& name = "dataSender::sendData"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
using RPolicy = Kokkos::RangePolicy<
|
||||||
|
execution_space,
|
||||||
|
Kokkos::Schedule<Kokkos::Static>,
|
||||||
|
Kokkos::IndexType<pFlow::uint32>>;
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 n = scatterField.size();
|
||||||
|
|
||||||
|
// make sure the buffer is ready to be used and free
|
||||||
|
// the previous request (if any).
|
||||||
|
waitBufferForUse();
|
||||||
|
|
||||||
|
// clear the buffer to prevent data copy if capacity increases
|
||||||
|
buffer_.clear();
|
||||||
|
buffer_.resize(n);
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& buffView = buffer_.deviceViewAll();
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(
|
||||||
|
"packDataForSend::"+name,
|
||||||
|
RPolicy(0,n),
|
||||||
|
LAMBDA_HD(uint32 i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
buffView[i] = scatterField[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
);
|
||||||
|
Kokkos::fence();
|
||||||
|
|
||||||
|
CheckMPI(
|
||||||
|
Isend(buffer_.getSpan(),
|
||||||
|
toProc_,
|
||||||
|
tag_,
|
||||||
|
processors.localCommunicator(),
|
||||||
|
&sendRequest_
|
||||||
|
),
|
||||||
|
true
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool recieveBackData(
|
||||||
|
const localProcessors& processors,
|
||||||
|
uint32 numToRecieve
|
||||||
|
)const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// make sure the buffer is ready to be used and free
|
||||||
|
// the previous request (if any).
|
||||||
|
waitBufferForUse();
|
||||||
|
|
||||||
|
// clear the buffer to prevent data copy if capacity increases
|
||||||
|
buffer_.clear();
|
||||||
|
buffer_.resize(numToRecieve);
|
||||||
|
|
||||||
|
CheckMPI(
|
||||||
|
Irecv(
|
||||||
|
buffer_.getSpan(),
|
||||||
|
toProc_,
|
||||||
|
tag_,
|
||||||
|
processors.localCommunicator(),
|
||||||
|
&sendRequest_
|
||||||
|
),
|
||||||
|
true
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
auto& buffer()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return buffer_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
const auto& buffer()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return buffer_;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
void fill(const T& val)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
waitBufferForUse();
|
||||||
|
buffer_.fill(val);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
uint32 size()const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return buffer_.size();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
bool sendComplete()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int test;
|
||||||
|
if(sendRequest_ != RequestNull)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MPI_Test(&sendRequest_, &test, StatusIgnore);
|
||||||
|
return test;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
inline
|
||||||
|
void resize(uint32 newSize)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
waitBufferForUse();
|
||||||
|
buffer_.clear();
|
||||||
|
buffer_.resize(newSize);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif //__dataSender_hpp__
|
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